ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show REFMAC5.5.0109精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング MOLREP位相決定 HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : pdb entry 2HCU解像度 : 1.89→41.9 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.961 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.94 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.28 / SU B : 8.85 / SU ML : 0.116 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / ESU R Free : 0.157 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2324 1464 5.1 % RANDOM Rwork 0.1869 - - - obs 0.1892 28862 92.93 % - all - 28862 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 47.93 Å2 / Biso mean : 31.707 Å2 / Biso min : 2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.89 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 2.33 Å2 0 Å2 3- - - -1.44 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.89→41.9 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2898 0 0 213 3111
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 16) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.019 0.022 3114 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 2146 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.599 1.962 4231 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.919 3 5294 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.175 5 405 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg40.651 25.528 161 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.942 15 596 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.906 15 11 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.095 0.2 468 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.02 3493 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 627 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.983 1.5 1858 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.275 1.5 751 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.707 2 3020 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.659 3 1256 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it4.096 4.5 1186
LS精密化 シェル 解像度 : 1.89→1.933 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.342 96 - Rwork 0.303 1753 - all - 1849 - obs - 1849 81.13 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.1424 -0.0686 0.9738 1.956 0.0322 0.9849 -0.1201 -0.5297 -0.2331 0.0142 0.0461 0.1542 -0.0544 -0.3187 0.074 0.0468 0.0428 0.0192 0.2151 0.063 0.0895 32.2387 21.5631 32.6295 2 0.9256 -0.2143 -0.0272 1.6728 -0.382 1.7366 0.0134 -0.0154 0.1225 0.0438 0.0545 -0.1016 -0.0994 -0.0202 -0.0678 0.0655 -0.0204 0.0016 0.0385 0.0321 0.067 27.0234 60.4209 14.8743
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A-10 - 9999 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B-10 - 9999