[日本語] English
万見
- PDB-3q3d: Crystal structure of BmrR bound to puromycin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q3d
タイトルCrystal structure of BmrR bound to puromycin
要素
  • BmrR promoter DNA
  • Multidrug-efflux transporter 1 regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA/ANTIBIOTIC / Protein-DNA complex / Multi-drug binding / antibiotic / Transcription regulator / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. ...Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PUROMYCIN / DNA / DNA (> 10) / Multidrug-efflux transporter 1 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Bachas, S. / Eginton, C. / Gunio, G. / Wade, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural contributions to multidrug recognition in the multidrug resistance (MDR) gene regulator, BmrR.
著者: Bachas, S. / Eginton, C. / Gunio, D. / Wade, H.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: BmrR promoter DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0083
ポリマ－40,5372
非ポリマー4721
水50428
1
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: BmrR promoter DNA
ヘテロ分子

A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: BmrR promoter DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0166
ポリマ－81,0734
非ポリマー9432
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z+1/21
Buried area14610 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.486, 106.486, 145.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

-
要素

#1: タンパク質 Multidrug-efflux transporter 1 regulator


分子量: 33478.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bmrR, bmr1R, BSU24020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39075
#2: DNA鎖 BmrR promoter DNA


分子量: 7058.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 23 bp promoter of Bmr efflux pump gene synthesized by IDT
#3: 化合物 ChemComp-PUY / PUROMYCIN / ピュ-ロマイシン


タイプ: RNA linking / 分子量: 471.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N7O5 / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.81 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7
詳細: 1.0 M Sodium Malonate ) 0.05% jeffamine-M600 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.785→35.841 Å / Num. obs: 17912 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / % possible all: 38.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
CNS精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→35.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 24.779 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 862 4.8 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 17049 83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→35.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2195 468 34 28 2725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8162.2053926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9745275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10124.158101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.96415378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4581511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7751.51389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54922246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55131435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.314.51680
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 18 -
Rwork0.378 583 -
obs--38.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.46682.27411.24072.84591.26922.60270.07640.11390.2801-0.0494-0.2060.138-0.1922-0.10590.12950.33840.07730.0030.2903-0.09760.358349.804-11.43520.193
25.39764.365111.48336.41812.259347.0912-0.3275-0.35590.17630.1909-0.0697-0.2124-1.76460.18560.39720.40990.1416-0.02660.4135-0.15860.533369.27.0752.733
35.39261.14460.84632.25630.78316.86770.0955-0.1989-0.0834-0.0928-0.0532-0.2650.22490.0899-0.04230.3085-0.15250.10840.20690.05030.401767.43822.91561.181
44.95696.53086.847914.305811.127310.2384-0.07510.1785-0.89011.00080.5121.22060.36380.392-0.43690.77470.20490.34360.6451-0.04821.212662.22617.6448.635
52.68610.21711.10873.3235-0.91593.10220.0699-0.1008-0.0124-0.1773-0.0444-0.09970.12280.0799-0.02560.2148-0.03250.04860.26190.02110.391567.51228.43759.059
62.40381.27270.31311.695-0.11614.02350.0802-0.2998-0.29910.19-0.2809-0.23350.21620.16270.20060.28140.04470.02290.27680.01820.410169.80621.71767.922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3A118 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4A157 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5A170 - 205
6X-RAY DIFFRACTION6A206 - 277

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る