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万見
- PDB-3q3c: Crystal structure of a serine dehydrogenase from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q3c
タイトルCrystal structure of a serine dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa pao1 in complex with NAD
要素Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


L-serine 3-dehydrogenase (NAD+) / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity / branched-chain amino acid catabolic process / L-serine catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / NADP binding / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent L-serine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Tan, K. / Singer, A.U. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Biochemical and Structural Studies of Uncharacterized Protein PA0743 from Pseudomonas aeruginosa Revealed NAD+-dependent L-Serine Dehydrogenase.
著者: Tchigvintsev, A. / Singer, A. / Brown, G. / Flick, R. / Evdokimova, E. / Tan, K. / Gonzalez, C.F. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Database references
改定 1.32012年2月1日Group: Database references
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1572
ポリマ－31,4941
非ポリマー6631
水55831
1
A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6298
ポリマ－125,9754
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/31
Buried area17650 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area38930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.724, 92.724, 126.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase


分子量: 31493.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV cleavage / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: PA0743 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q9I5I6, EC: 1.1.1.276
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 4 M Ammonium Acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 cryoprotected with 12% ethylene glycol and soaked with 10 mM NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 15260 / Num. obs: 14802 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 15.16 % / Biso Wilson estimate: 49.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 48.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1373 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000ShelxC位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.299→37.391 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2624 750 5.08 %
Rwork0.1912 --
obs0.1945 14766 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.379 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5004 Å20 Å20 Å2
2---1.5004 Å2-0 Å2
3---3.0008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→37.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 44 31 2189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3282998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.403789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2993-2.47680.31211480.2632635X-RAY DIFFRACTION96
2.4768-2.7260.33091590.24562771X-RAY DIFFRACTION100
2.726-3.12030.32851680.24252751X-RAY DIFFRACTION100
3.1203-3.93050.25361380.19222850X-RAY DIFFRACTION100
3.9305-37.39550.21241370.15593009X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8271-1.1361-2.77992.8131.92222.6779-1.2920.8161-0.54790.75270.4856-0.17121.02-0.58610.71060.6528-0.27130.13920.4235-0.10450.3148-13.494627.0136-6.4229
24.7532-1.535-2.76763.72490.22994.1361-1.26350.1555-0.58880.12881.07590.53021.5408-0.49530.33751.1778-0.23230.21270.3975-0.12690.4004-16.102422.1307-0.4735
34.33571.5-2.53262.79921.17553.4524-1.12250.186-1.08620.66320.2885-0.51672.3461-0.23060.84891.1168-0.36110.38070.5316-0.12960.6614-8.249819.5649-12.8558
42.30450.4378-0.3011.750.56162.0135-0.94721.3142-0.518-0.09690.08950.151.9427-0.88020.61881.2194-0.65540.36920.7905-0.35280.5095-6.390118.7092-20.7297
52.888-1.5543-0.99421.7128-0.01490.7762-0.29281.15210.27890.32810.1743-0.02890.606-0.78890.08610.4498-0.28840.05940.6156-0.06410.3255-8.426630.4546-19.2842
63.1305-0.8718-1.60430.42810.27622.0120.15921.58030.45290.10180.22620.3646-0.1274-1.4345-0.18790.3949-0.30810.03571.37510.10360.5147-14.904734.3902-21.9092
70.70231.018-1.40320.2586-1.12152.91340.1666-0.1247-0.06180.22590.06780.0491-0.1344-0.4803-0.23850.32110.0305-0.00840.38910.06140.35059.03447.0264-16.6975
81.1862.0723-1.34554.5263-1.70972.0365-0.79430.0776-0.62590.40750.679-0.3413-0.8014-1.0034-0.00780.54960.0890.08660.3749-0.01060.30145.811559.9125-18.2074
90.98110.40110.93681.89240.17591.14680.2051-0.3509-0.16230.12820.15560.17420.0455-0.5326-0.31080.3318-0.0466-0.00980.44270.13270.371610.386840.7468-11.3631
102.42671.3951.28794.7848-2.17032.808-0.0007-1.7011-0.44170.3746-0.4372-0.4917-0.4321-0.24290.31410.4950.0526-0.07680.82830.00650.746219.147749.531-3.0294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:37)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 38:50)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 51:73)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 74:110)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 111:140)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 141:160)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 161:205)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 206:209)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 210:291)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 292:296)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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