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万見
- PDB-3q2y: Crystal Structure of BmrR bound to ethidium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q2y
タイトルCrystal Structure of BmrR bound to ethidium
要素
  • 23 bp promoter
  • Multidrug-efflux transporter 1 regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein DNA complex / transcription regulator / multidrug binding / Multidrug resistance / Transciption Factor / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. ...Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHIDIUM / DNA / DNA (> 10) / Multidrug-efflux transporter 1 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Bachas, S. / Eginton, C. / Gunio, G. / Wade, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural contributions to multidrug recognition in the multidrug resistance (MDR) gene regulator, BmrR.
著者: Bachas, S. / Eginton, C. / Gunio, D. / Wade, H.
履歴
登録2010年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: 23 bp promoter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0355
ポリマ－40,5372
非ポリマー4993
水27015
1
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: 23 bp promoter
ヘテロ分子

A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: 23 bp promoter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,07110
ポリマ－81,0734
非ポリマー9976
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z+1/21
Buried area13940 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.600, 106.600, 145.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Multidrug-efflux transporter 1 regulator


分子量: 33478.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bmrR, bmr1R, BSU24020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39075
#2: DNA鎖 23 bp promoter


分子量: 7058.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 23 bp BmrR promoter
#3: 化合物 ChemComp-ET / ETHIDIUM / エチジウム


分子量: 314.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M Sodium Malonate, 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 16383 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.95-3.06180
3.06-3.18190.9
3.18-3.32192.4
3.32-3.5192.2
3.5-3.72191.5
3.72-4191.7
4-4.41190.6
4.41-5.04190.2
5.04-6.35189.2
6.35-50186.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→36.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 30.73 / SU ML: 0.244 / SU R Cruickshank DPI: 0.5552 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.554 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24593 749 4.9 %RANDOM
Rwork0.19961 ---
obs0.20181 14566 83.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→36.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2221 468 36 15 2740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7332.1993930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7295275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.57124.175103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.19715397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7471511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7741.51383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57122242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15331447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4844.51688
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.954→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 46 -
Rwork0.359 702 -
obs--57.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.48341.88511.6084.64213.21096.9986-0.0391-0.06580.1227-0.1096-0.24140.4197-0.026-0.52610.28050.26240.03420.00330.2673-0.07940.384845.188-16.62520.224
235.66428.05181.192612.2459-5.56453.3126-0.07291.91931.6438-0.0594-0.11720.11760.02740.31810.19010.6190.04210.02190.47140.07960.445657.737-1.52916.103
31.68690.85623.11755.96253.158616.3905-0.0172-0.10540.0726-0.29820.1648-0.2591-0.51190.3386-0.14750.40550.03970.02830.2808-0.0430.6248685.89244.34
46.6066-1.8931.75832.7614-0.49468.27310.09390.1712-0.2244-0.19980.0376-0.09860.4416-0.0753-0.13160.3623-0.11120.08080.22760.0080.490166.10521.52257.544
52.87351.0085-0.4352.9109-0.95962.55140.0724-0.1301-0.16850.0438-0.1923-0.06690.17890.16230.11980.29070.02870.03760.22860.02430.408569.21423.93464.796
65.91820.98861.15130.75131.68824.42030.0259-0.41650.16250.2227-0.47110.22670.3108-0.89230.44520.5457-0.18020.1130.4818-0.12670.397534.644-16.14233.263
74.9202-1.30260.56561.9621.03216.72850.48560.45350.6567-0.5568-0.70660.1958-0.7931-0.93940.22110.45820.0781-0.0540.473-0.14090.504633.68218.30440.21
899.2587-43.6245-45.57461.486454.039148.54960.0854-3.01432.3155-0.29270.2428-0.4641-0.26170.1852-0.32830.8817-0.3078-0.2690.8474-0.14280.402458.7323.21365.061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4A118 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5A171 - 277
6X-RAY DIFFRACTION6B-12 - 1
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8A285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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