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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q2u | ||||||
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タイトル | Structure of Human Glioma Pathogenesis-related Protein 1 Reveals Unique loops and surface motifs. | ||||||
要素 | Glioma pathogenesis-related protein 1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / CRISP / human glioma pathogenesis-related protein 1 (GLIPR1) / RTVP1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 azurophil granule membrane / PPARA activates gene expression / Neutrophil degranulation / extracellular space / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Asojo, O.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Structural studies of human glioma pathogenesis-related protein 1. 著者: Asojo, O.A. / Koski, R.A. / Bonafe, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3q2u.cif.gz | 99.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3q2u.ent.gz | 75.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3q2u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/3q2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/3q2u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23323.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLIPR, GLIPR1, RTVP1, synthesized / プラスミド: pPicZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P48060 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.085M MES, 25.5% w/v PEG 5000 MME, 0.17M Ammonium sulfate 15% v/v glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.514 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.514 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→29.04 Å / Num. obs: 23229 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 16237 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3Q2R 解像度: 1.85→27.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.736 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→27.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
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