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万見
- PDB-3q2b: Crystal Structure of an Actin Depolymerizing Factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q2b
タイトルCrystal Structure of an Actin Depolymerizing Factor
要素Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog 1
キーワードActin-BINDING PROTEIN / Actin Regulator / Actin
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / actin filament depolymerization / actin monomer binding / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / D(-)-TARTARIC ACID / Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wong, W. / Clarke, O.B. / Gulbis, J.M. / Baum, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Minimal requirements for actin filament disassembly revealed by structural analysis of malaria parasite actin-depolymerizing factor 1
著者: Wong, W. / Skau, C.T. / Marapana, D.S. / Hanssen, E. / Taylor, N.L. / Riglar, D.T. / Zuccala, E.S. / Angrisano, F. / Lewis, H. / Catimel, B. / Clarke, O.B. / Kershaw, N.J. / Perugini, M.A. / ...著者: Wong, W. / Skau, C.T. / Marapana, D.S. / Hanssen, E. / Taylor, N.L. / Riglar, D.T. / Zuccala, E.S. / Angrisano, F. / Lewis, H. / Catimel, B. / Clarke, O.B. / Kershaw, N.J. / Perugini, M.A. / Kovar, D.R. / Gulbis, J.M. / Baum, J.
履歴
登録2010年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3575
ポリマ－13,9011
非ポリマー4564
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.970, 38.970, 142.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog 1 / PfADF1


分子量: 13900.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: HB3 / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P86292
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.8M (NH4)2SO4, 0.2M KNa tartrate, 0.1M NaOAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.6 Å / Num. all: 16000 / Num. obs: 15439 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1494 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1F7S

1f7s


解像度: 1.6→27.556 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.8501 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 767 4.99 %
Rwork0.1928 --
obs0.1942 15356 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.587 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.5 Å2 / Biso mean: 30.2127 Å2 / Biso min: 13.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5578 Å20 Å2-0 Å2
2--3.5578 Å2-0 Å2
3----7.1155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数927 0 26 77 1030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2031387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.554391
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5995-1.7230.28971350.254428632998
1.723-1.89640.27081610.222328262987
1.8964-2.17070.21071680.179228713039
2.1707-2.73440.2221380.181629273065
2.7344-27.560.2061650.190631023267
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.649 Å / Origin y: 16.3572 Å / Origin z: 9.9892 Å
111213212223313233
T0.1845 Å2-0.0015 Å20.0227 Å2-0.0876 Å2-0.0029 Å2--0.135 Å2
L1.3209 °20.0119 °2-0.4469 °2-0.8355 °20.4601 °2--2.2692 °2
S0.1517 Å °0.0601 Å °0.0387 Å °-0.0249 Å °-0.0464 Å °-0.0334 Å °-0.3269 Å °0.0769 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 203
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 123
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 124
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 125
6X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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