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万見
- PDB-3q24: X-ray crystal structure of the N4 mini-VRNAP and P2_7a promoter t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q24
タイトルX-ray crystal structure of the N4 mini-VRNAP and P2_7a promoter transcription initiation complex with pppGpG and pyrophosphate: product complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
  • Virion RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA/RNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TWO-METAL CATALYSIS / DE NOVO TRANSCRIPTION INITIATION / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / INITIATION COMPLEX / DNA-HAIRPIN / VIRION RNA POLYMERASE / TRANSFERASE-DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / virion component / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #110 / Alpha-Beta Plaits - #2440 / Transcription Regulator spoIIAA - #220 / Helix Hairpins - #1360 / Helix Hairpins - #1370 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1860 / : / : / : / : ...Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #110 / Alpha-Beta Plaits - #2440 / Transcription Regulator spoIIAA - #220 / Helix Hairpins - #1360 / Helix Hairpins - #1370 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1860 / : / : / : / : / Virion DNA-directed RNA polymerase, plug insertion / Virion DNA-directed RNA polymerase domain / Virion DNA-directed RNA polymerase domain / Bacteriophage N4 RNA polymerase, helical domain / Transcription Regulator spoIIAA / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROGENPHOSPHATE ION / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / DNA / DNA (> 10) / Virion DNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage N4 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Gleghorn, M.L. / Murakami, K.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: X-ray crystal structures elucidate the nucleotidyl transfer reaction of transcript initiation using two nucleotides.
著者: Gleghorn, M.L. / Davydova, E.K. / Basu, R. / Rothman-Denes, L.B. / Murakami, K.S.
履歴
登録2010年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年10月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / ndb_struct_conf_na / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion RNA polymerase
B: Virion RNA polymerase
C: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,51910
ポリマ－268,0874
非ポリマー1,4326
水43,2182399
1
A: Virion RNA polymerase
C: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2036
ポリマ－134,0432
非ポリマー1,1594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area46750 Å2
手法PISA
2
B: Virion RNA polymerase
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3164
ポリマ－134,0432
非ポリマー2732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area47180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.459, 111.790, 277.009
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Virion RNA polymerase


分子量: 123036.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage N4 (ファージ)
遺伝子: gp50 / プラスミド: PKMK56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q859P9, DNA-directed RNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量: 11007.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 2405分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#5: 化合物 ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION


分子量: 96.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O4P
#6: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 294 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 0.21 M DIBASIC AMMONIUM CITRATE, 0.09 M AMMONIUM DIHYDROGEN MONOPHOSPHATE, 25% (DROP) 21.5-22% (RESERVOIR) PEG 3350, pH 8.0, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TRIS-HCL11
2DIBASIC AMMONIUM CITRATE11
3AMMONIUM DIHYDROGEN MONOPHOSPHATE11
4PEG 335011
5TRIS-HCL12
6DIBASIC AMMONIUM CITRATE12
7AMMONIUM DIHYDROGEN MONOPHOSPHATE12
8PEG 335012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.959997
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日
放射モノクロメーター: Silicon(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.959997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 233493 / Num. obs: 233493 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→41.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.791 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 11698 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.202 233362 --
obs0.202 233362 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→41.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16897 881 83 2399 20260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02218231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0962.04224862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.18752187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.06225.761769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.905153119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.761582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.22846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.29159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.212654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.22129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7261.511217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94217537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.40138174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1524.57325
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 799 -
Rwork0.298 14183 -
obs--86.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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