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- PDB-3q1g: Crystal Structure of BoxB crystallized with PEG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q1g
タイトルCrystal Structure of BoxB crystallized with PEG
要素Benzoyl-CoA oxygenase component B
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIIRON CENTER / EPOXIDASE / BENZOYL COENZYME A / benzoyl coenzyme A binding
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoyl-CoA 2,3-epoxidase / phenylacetate catabolic process / dioxygenase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Benzoyl-CoA oxygenase, B subunit / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROXIDE ION / Benzoyl-CoA oxygenase component B
類似検索 - 構成要素
生物種Azoarcus evansii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Weinert, T. / Rather, L. / Fuchs, G. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Diiron Benzoyl-Coenzyme A Epoxidase BoxB.
著者: Rather, L.J. / Weinert, T. / Demmer, U. / Bill, E. / Ismail, W. / Fuchs, G. / Ermler, U.
履歴
登録2010年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
C: Benzoyl-CoA oxygenase component B
D: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,71424
ポリマ－222,6734
非ポリマー1,04120
水4,936274
1
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9286
ポリマ－55,6681
非ポリマー2605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0257
ポリマ－55,6681
非ポリマー3566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9286
ポリマ－55,6681
非ポリマー2605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8325
ポリマ－55,6681
非ポリマー1644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,95313
ポリマ－111,3362
非ポリマー61611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area38210 Å2
手法PISA
6
C: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子

D: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,76111
ポリマ－111,3362
非ポリマー4249
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3630 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area38150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.660, 76.770, 147.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEARGARGBB8 - 518 - 51
21ILEILEARGARGAA8 - 518 - 51
31ILEILEARGARGCC8 - 518 - 51
41ILEILEARGARGDD8 - 518 - 51
12ASPASPPHEPHEBB63 - 47263 - 472
22ASPASPPHEPHEAA63 - 47263 - 472
32ASPASPPHEPHECC63 - 47263 - 472
42ASPASPPHEPHEDD63 - 47263 - 472

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Benzoyl-CoA oxygenase component B / Benzoyl-CoA 2 / 3-dioxygenase subunit B / Benzoyl-CoA dioxygenase oxygenase component


分子量: 55668.227 Da / 分子数: 4 / 変異: c-terminal strep tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus evansii (バクテリア) / 遺伝子: Azoarcus evansii, boxB / 発現宿主: Azoarcus evansii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9AIX7, EC: 1.14.12.21

-
非ポリマー , 5種, 294分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE C-TERMINAL TAGGED BOXB WAS INTEGRATED INTO THE GENOME OF AZOARCUS EVANSII AS DESCRIBED ...THE C-TERMINAL TAGGED BOXB WAS INTEGRATED INTO THE GENOME OF AZOARCUS EVANSII AS DESCRIBED ELSEWHERE FOR THE HIS-TAG VERSION (ZAAR ET AL. 2004)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 13% PEG 4000 0.1M sodium acetate, pH 4.6 0.1M Li2SO4 18% glycerol 5 mM benzoyl-CoA 0.1 mg/ml BoxA 0.1 M KCl 10 mM Pipes, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月8日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.7 Å / Num. all: 77107 / Num. obs: 76352 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 8.56
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3PF7

3pf7


解像度: 2.5→43.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 22.451 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23498 3824 5 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.20735 72478 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å20 Å20.15 Å2
2--1.73 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15298 0 36 274 15608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02215870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.92921481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94326236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.63751889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37723.51866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.752152593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.37315136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.22202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5711.59378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1031.53811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.165215076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20936492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3074.56400
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B2651TIGHT POSITIONAL0.050.05
2A2651TIGHT POSITIONAL0.040.05
3C2651TIGHT POSITIONAL0.040.05
4D2651TIGHT POSITIONAL0.040.05
1B3561LOOSE POSITIONAL0.045
2A3561LOOSE POSITIONAL0.045
3C3561LOOSE POSITIONAL0.045
4D3561LOOSE POSITIONAL0.045
1B2651TIGHT THERMAL0.10.5
2A2651TIGHT THERMAL0.10.5
3C2651TIGHT THERMAL0.090.5
4D2651TIGHT THERMAL0.080.5
1B3561LOOSE THERMAL0.110
2A3561LOOSE THERMAL0.110
3C3561LOOSE THERMAL0.0910
4D3561LOOSE THERMAL0.0810
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 269 -
Rwork0.402 5056 -
obs--94.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.523-0.86093.3880.643-0.33995.40840.15350.6936-0.0157-0.2805-0.1139-0.42630.15240.705-0.03960.67280.0273-0.07650.483-0.03490.538920.244-13.439-52.666
21.05380.2440.2940.91410.33021.57270.08640.0933-0.09440.0820.005-0.07470.22170.0297-0.09140.521-0.0186-0.28520.0860.00870.21934.105-13.742-36.361
32.853-0.5673-0.96411.61610.8562.04910.0658-0.20910.0460.19230.1399-0.23750.10540.2317-0.20580.5743-0.059-0.29650.09040.02830.256413.123-8.686-23.497
43.35852.4072-1.55472.774-2.82384.3748-0.1418-0.28370.4310.3353-0.11090.0438-0.5875-0.3270.25260.84770.0547-0.37360.1752-0.10160.2314-5.50329.486-9.413
50.90350.21060.46940.48540.26271.8395-0.0895-0.06950.0915-0.013-0.10130.0985-0.1601-0.35990.19080.5962-0.0383-0.25490.1251-0.01840.1765-12.23919.706-29.184
61.56460.64050.82463.11852.16394.1359-0.25580.22440.0649-0.12220.051-0.1097-0.40510.22740.20480.7435-0.088-0.35080.0990.07930.20570.29724.341-38.854
75.23041.74170.36852.23070.15612.50570.17640.0809-0.55640.247-0.0608-0.20290.29770.1075-0.11560.6241-0.0353-0.30330.31170.09810.2214-2.9635.064-68.202
81.31560.06950.20371.1781-0.34711.22530.05810.22390.1240.03250.00330.1326-0.09640.1436-0.06140.4456-0.015-0.21080.35970.06910.1742-6.11223.227-81.773
91.19810.0503-0.11951.5958-1.02033.33980.2070.1620.1481-0.1614-0.1839-0.0909-0.08060.694-0.02310.477-0.0595-0.21840.53510.0230.195510.8626.821-83.443
101.40522.71010.010910.22580.3833.13620.4288-0.65110.23260.8361-0.38820.6994-0.2055-0.9012-0.04060.7193-0.11240.01231.0619-0.10830.350334.5823.187-10.562
111.37050.2086-0.01131.08690.22440.73170.1935-0.4129-0.03530.1998-0.1476-0.1093-0.0397-0.1846-0.04590.578-0.1495-0.23330.66540.02650.212253.50116.115-20.726
123.09370.5347-1.44571.11660.16942.80090.0778-0.1441-0.3620.1269-0.1789-0.11230.2432-0.22890.10110.5458-0.1373-0.29560.57990.10810.239547.8481.794-26.724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3A391 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4B6 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5B75 - 392
6X-RAY DIFFRACTION6B393 - 473
7X-RAY DIFFRACTION7C7 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8C73 - 398
9X-RAY DIFFRACTION9C399 - 473
10X-RAY DIFFRACTION10D8 - 74
11X-RAY DIFFRACTION11D75 - 390
12X-RAY DIFFRACTION12D391 - 474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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