PDB-3q0s: Crystal structure of the PUMILIO-homology domain from Human PUMIL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q0s

タイトル

Crystal structure of the PUMILIO-homology domain from Human PUMILIO2 in complex with erk2 NRE

要素

5'-R(UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*C)-3'
Pumilio homolog 2

キーワード

RNA binding protein/RNA / PUF / PUMILIO-homolgy domain / Gene regulation / RNA binding / RNA binding protein-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of sprouting of injured axon / pumilio-response element binding / regulation of intracellular mRNA localization / regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of RIG-I signaling pathway / regulation of chromosome segregation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lu, G. / Hall, T.M.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Alternate modes of cognate RNA recognition by human PUMILIO proteins.
著者: Lu, G. / Hall, T.M.

履歴

登録	2010年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q0s.cif.gz	161.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q0s.ent.gz	127.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q0lC 3q0mC 3q0nC 3q0oC 3q0pC 3q0qC 3q0rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q0m-2 3q0n-1 1m8w-2 3q0l-1 3q0m-1 1m8x-2 2yjy-1 6nod-1 3q0p-2 2yjy-2 3q0p-1 3q0r-d 1m8x-1 1m8y-1 3q0o-2 3q0l-2 3k4e-1 3bsx-1 1ib2-d 3q0o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pumilio homolog 2

B: 5'-R(UP*GP*UP*AP*CP*AP*UP*C)-3'

43 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.404, 45.364, 97.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.26, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Pumilio homolog 2 / Pumilio-2 分子量: 40524.719 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 706-1056 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUM2, KIAA0235, PUMH2 / プラスミド: pDEST527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q8TB72
#2: RNA鎖	5'-R(UPGPUPAPCPAPUPC)-3' 分子量: 2487.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: This RNA sequence occurs naturally in humans.
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 17-20% (w/v) PEG 3000, 100 mM Na3Citrate pH 5.0-6.0 , VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日
放射	モノクロメーター: varimax hf / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→24 Å / Num. all: 28271 / Num. obs: 26134 / % possible obs: 92.44 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_6)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→24 Å / SU ML: 1.18 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2489	1279	4.89 %	Random
R_work	0.2066	-	-	-
all	0.2087	26134	-	-
obs	0.2087	26134	92.44 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 79.201 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4583 Å²	0 Å²	-2.353 Å²
2-	-	17.6275 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-16.1692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2783	164	0	136	3083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.864	4103
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.993	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	463
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	505

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9999-2.0799	0.3344	122	0.2466	2410	X-RAY DIFFRACTION	81
2.0799-2.1745	0.2691	143	0.2159	2733	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1745-2.2891	0.2559	136	0.1901	2728	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2891-2.4324	0.2993	134	0.1931	2707	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4324-2.6199	0.2732	129	0.2088	2688	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6199-2.8832	0.2633	151	0.2078	2710	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8832-3.2995	0.2901	144	0.2222	2840	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2995-4.1535	0.2025	146	0.1725	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1535-24.0271	0.2193	174	0.1982	3025	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.384	0.3104	0.066	0.2945	0.0486	0.7781	0.0424	0.7888	0.2871	-0.1999	-0.1777	0.0733	-0.3953	0.3645	-0.0004	0.2484	0.0708	-0.0071	0.5778	0.0716	0.3017	7.2165	17.8723	8.6764
2	1.0462	0.9638	-0.0154	0.6817	-0.1256	0.8163	0.0522	0.6935	-0.0108	0.023	0.1789	0.0071	0.1803	0.1922	0.0001	0.2096	0.0527	-0.0198	0.4833	-0.0442	0.2475	-0.2417	8.1171	10.7421
3	0.4182	0.3964	-0.6349	1.0371	-1.2157	1.2736	-0.0852	0.4908	0.0965	0.271	0.1594	0.023	0.3757	0.1137	-0.0001	0.2914	0.1009	-0.0231	0.2567	-0.0324	0.2332	-2.2871	-1.7886	16.5247
4	0.8026	0.6495	-1.0016	0.5872	-0.6701	1.1751	0.0338	0.3563	0.1002	-0.3598	-0.0379	0.1605	0.52	0.1749	0.0001	0.4108	0.0571	-0.0486	0.2167	-0.0183	0.2627	-5.3735	-9.1116	24.2592
5	0.5066	0.0919	-0.6878	0.2822	0.1272	0.9936	0.3044	0.2222	-0.0712	-0.1122	-0.186	0.0188	0.3381	0.0284	0	0.3512	0.0475	-0.0549	0.1358	-0.0234	0.2922	-8.8725	-12.0344	34.5164
6	0.5474	-0.0685	-0.3954	0.1176	0.4089	1.0689	0.2979	0.0374	-0.1466	0.1965	-0.0969	0.0844	0.5944	-0.3763	0.0001	0.325	-0.0477	-0.0814	0.1945	0.0286	0.2769	-14.4316	-11.6997	43.5233
7	0.0373	-0.0093	-0.1218	0.5553	0.7996	0.894	0.3024	-0.2775	0.0152	0.0531	-0.0846	0.0943	0.1804	-0.6606	0.0001	0.197	-0.0274	-0.0181	0.3574	0.0403	0.2509	-19.8414	-6.794	52.5038
8	0.0655	-0.2378	0.2512	1.3939	-0.2036	0.7222	0.5274	-0.1974	0.3794	0.0918	-0.1574	0.4763	-0.2647	-1.2025	0.0002	0.1919	0.09	0.0377	0.6823	-0.0383	0.4038	-25.1102	-0.3036	60.3027
9	0.9231	-0.2929	-0.0595	0.9723	0.718	0.618	0.6415	-1.2648	0.0789	0.4643	-0.3492	0.1619	-1.0668	-1.6788	0.0202	0.4307	0.3081	0.1072	1.0601	-0.2338	0.5242	-27.1566	8.2693	67.2644
10	0.3249	-0.0442	0.1875	0.0424	-0.0337	0.5413	0.7707	-1.1887	0.4548	0.13	0.1386	-0.2664	-0.8891	-2.55	0.0096	1.2315	0.3595	0.0979	1.1649	-0.1961	1.0726	-24.2847	18.5543	66.0835

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 706:729)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 730:766)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 767:802)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 803:840)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 841:876)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 877:912)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 913:948)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 949:984)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 985:1027)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 1028:1049)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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