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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q0m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PUMILIO-homology domain from Human PUMILIO1 in complex with p38alpha NREb | ||||||
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![]() | RNA binding protein/RNA / PUF / PUMILIO-homolgy domain / Gene regulation / RNA binding / RNA binding protein-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / post-transcriptional gene silencing / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / post-transcriptional gene silencing / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / mRNA destabilization / regulation of mRNA stability / adult locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / stem cell differentiation / P-body / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / spermatogenesis / regulation of cell cycle / axon / RNA binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, G. / Hall, T.M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Alternate modes of cognate RNA recognition by human PUMILIO proteins. 著者: Lu, G. / Hall, T.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40364.523 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 828-1176 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 2551.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This RNA sequence occurs naturally in humans. #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 15-20% (w/v) PEG 3350, 100 mM Li2SO4, and 100 mM Na3Citrate pH 5.5-6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月25日 |
放射 | モノクロメーター: varimax hf / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→29.8 Å / Num. all: 20640 / Num. obs: 16244 / % possible obs: 78.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 80.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.997 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.705→29.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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