PDB-3q08: Crystal Structure of Chlorite Dismutase from D. Aromatica at pH 6.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q08

タイトル

Crystal Structure of Chlorite Dismutase from D. Aromatica at pH 6.5

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ferrodoxin Fold / Chlorite Decomposition / O2 generation / Periplasim

機能・相同性

機能・相同性情報

chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / periplasmic space / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Dechloromonas aromatica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Phaser / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Goblirsch, B.R. / Wilmot, C.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural features promoting dioxygen production by Dechloromonas aromatica chlorite dismutase.
著者: Goblirsch, B.R. / Streit, B.R. / DuBois, J.L. / Wilmot, C.M.

履歴

登録	2010年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年1月5日	ID: 3M2Q
改定 1.0	2011年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q08.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q08.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q08_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q08_full_validation.pdf.gz	7 MB	表示
XML形式データ	3q08_validation.xml.gz	191 KB	表示
CIF形式データ	3q08_validation.cif.gz	229.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q09-3 3q09-4 3q09-1 3q09-2 4m06-d 3nn1-d 5a13-2 5a12-d 4m07-d 4m09-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

F: Chlorite dismutase

G: Chlorite dismutase

H: Chlorite dismutase

I: Chlorite dismutase

J: Chlorite dismutase

K: Chlorite dismutase

L: Chlorite dismutase

M: Chlorite dismutase

N: Chlorite dismutase

O: Chlorite dismutase

P: Chlorite dismutase

Q: Chlorite dismutase

R: Chlorite dismutase

S: Chlorite dismutase

T: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

582 kDa, 20 ポリマー
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1

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Chlorite dismutase

G: Chlorite dismutase

H: Chlorite dismutase

I: Chlorite dismutase

J: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 5 ポリマー
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3

K: Chlorite dismutase

L: Chlorite dismutase

M: Chlorite dismutase

N: Chlorite dismutase

O: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 5 ポリマー
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4

P: Chlorite dismutase

Q: Chlorite dismutase

R: Chlorite dismutase

S: Chlorite dismutase

T: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.704, 202.850, 247.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	8 - 3001
2	1	1	5	B	8 - 3001
3	1	1	5	C	8 - 3001
4	1	1	5	D	8 - 3001
5	1	1	5	E	8 - 3001
6	1	1	5	F	8 - 3001
7	1	1	5	G	8 - 3001
8	1	1	5	H	8 - 3001
9	1	1	5	I	8 - 3001
10	1	1	5	J	8 - 3001
11	1	1	5	K	8 - 3001
12	1	1	5	L	8 - 3001
13	1	1	5	M	8 - 3001
14	1	1	5	N	8 - 3001
15	1	1	5	O	8 - 3001
16	1	1	5	P	8 - 3001
17	1	1	5	Q	8 - 3001
18	1	1	5	R	8 - 3001
19	1	1	5	S	8 - 3001
20	1	1	5	T	8 - 3001

-
タンパク質 , 1種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 28179.314 Da / 分子数: 20 / 断片: UNP residues 32-282 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dechloromonas aromatica (バクテリア) 株: RCB / 遺伝子: Daro_2580 / プラスミド: pBSCld / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(de3) / 参照: UniProt: Q47CX0, chlorite O2-lyase

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16% PEG 8000, 200mM CaAc2, 25mM NaNO2, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 117022 / Num. obs: 117263 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.105
反射シェル	解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 4.682 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Phaser / 解像度: 3.05→46.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 36.628 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22079	5833	5 %	RANDOM
R_work	0.17822	-	-	-
obs	0.18037	110579	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→46.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38560	0	1180	20	39760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	40740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	2.032	55500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.114	5	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.473	24.023	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.475	15	6940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.015	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	30400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.544	1.5	24100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.064	2	39160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.521	3	16640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.584	4.5	16340

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	967	medium positional	0.17	0.5
B	967	medium positional	0.25	0.5
C	967	medium positional	0.15	0.5
D	967	medium positional	0.25	0.5
E	967	medium positional	0.16	0.5
F	967	medium positional	0.17	0.5
G	967	medium positional	0.15	0.5
H	967	medium positional	0.16	0.5
I	967	medium positional	0.25	0.5
J	967	medium positional	0.2	0.5
K	967	medium positional	0.2	0.5
L	967	medium positional	0.15	0.5
M	967	medium positional	0.24	0.5
N	967	medium positional	0.16	0.5
O	967	medium positional	0.16	0.5
P	967	medium positional	0.23	0.5
Q	967	medium positional	0.26	0.5
R	967	medium positional	0.21	0.5
S	967	medium positional	0.21	0.5
T	967	medium positional	0.23	0.5
A	1021	loose positional	0.24	5
B	1021	loose positional	0.33	5
C	1021	loose positional	0.22	5
D	1021	loose positional	0.3	5
E	1021	loose positional	0.33	5
F	1021	loose positional	0.27	5
G	1021	loose positional	0.24	5
H	1021	loose positional	0.24	5
I	1021	loose positional	0.29	5
J	1021	loose positional	0.25	5
K	1021	loose positional	0.28	5
L	1021	loose positional	0.23	5
M	1021	loose positional	0.3	5
N	1021	loose positional	0.25	5
O	1021	loose positional	0.25	5
P	1021	loose positional	0.33	5
Q	1021	loose positional	0.35	5
R	1021	loose positional	0.33	5
S	1021	loose positional	0.3	5
T	1021	loose positional	0.33	5
A	967	medium thermal	0.55	2
B	967	medium thermal	0.56	2
C	967	medium thermal	0.52	2
D	967	medium thermal	0.5	2
E	967	medium thermal	0.53	2
F	967	medium thermal	0.44	2
G	967	medium thermal	0.5	2
H	967	medium thermal	0.51	2
I	967	medium thermal	0.49	2
J	967	medium thermal	0.51	2
K	967	medium thermal	0.48	2
L	967	medium thermal	0.49	2
M	967	medium thermal	0.49	2
N	967	medium thermal	0.44	2
O	967	medium thermal	0.5	2
P	967	medium thermal	0.43	2
Q	967	medium thermal	0.46	2
R	967	medium thermal	0.43	2
S	967	medium thermal	0.44	2
T	967	medium thermal	0.42	2
A	1021	loose thermal	0.79	10
B	1021	loose thermal	0.94	10
C	1021	loose thermal	0.77	10
D	1021	loose thermal	0.75	10
E	1021	loose thermal	0.82	10
F	1021	loose thermal	0.69	10
G	1021	loose thermal	0.68	10
H	1021	loose thermal	0.78	10
I	1021	loose thermal	0.75	10
J	1021	loose thermal	0.71	10
K	1021	loose thermal	0.7	10
L	1021	loose thermal	0.69	10
M	1021	loose thermal	0.8	10
N	1021	loose thermal	0.7	10
O	1021	loose thermal	0.64	10
P	1021	loose thermal	0.67	10
Q	1021	loose thermal	0.72	10
R	1021	loose thermal	0.63	10
S	1021	loose thermal	0.66	10
T	1021	loose thermal	0.68	10

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.121 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	327	-
R_work	0.242	6283	-
obs	-	-	92.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1376	-0.3278	0.0789	0.6919	0.1703	1.3727	-0.0834	-0.0863	-0.1246	0.0812	-0.0078	0.1232	0.4377	-0.14	0.0912	0.1711	-0.0355	0.0266	0.0204	-0.0023	0.0424	-32.9579	-44.3135	18.0502
2	1.1968	-0.3863	0.4399	1.5127	-0.2836	0.6905	-0.015	0.1839	-0.0173	-0.2691	0.0127	-0.0463	0.1188	0.1518	0.0023	0.1398	0.0412	0.0476	0.092	0.0198	0.0223	-11.0543	-26.9486	-18.4694
3	1.5309	-0.7265	-0.1671	1.003	0.0324	1.4379	0.1849	0.0189	0.2263	0.0185	-0.0409	-0.1426	-0.2051	0.2862	-0.144	0.0645	-0.0383	0.0497	0.0596	-0.0181	0.1024	-9.8889	-7.5619	2.3596
4	1.5364	-0.159	0.2828	0.5787	-0.1979	1.5978	-0.0387	0.1315	-0.1517	-0.1866	0.0313	0.0264	0.5097	-0.0324	0.0074	0.2883	-0.0029	0.0122	0.0301	-0.0214	0.0339	-25.2473	-49.8033	-8.7308
5	1.5717	-0.0622	0.0202	0.9379	-0.3645	1.112	0.0299	-0.1901	0.1447	0.1292	-0.0115	0.0222	-0.1106	0.1262	-0.0184	0.047	-0.0041	0.0172	0.0474	-0.0198	0.0223	-23.3993	-18.252	24.9135
6	2.1631	0.5005	-0.0854	1.3708	0.1127	1.4223	0.1548	-0.6635	-0.3733	0.4419	-0.257	-0.2944	0.0457	0.3213	0.1022	0.1747	-0.1372	-0.1462	0.3932	0.2392	0.2089	7.924	5.4581	-36.2566
7	0.8434	0.2317	0.086	1.9833	0.4838	1.1832	0.1255	-0.0736	-0.1879	0.0596	-0.1789	-0.4474	-0.0425	0.4074	0.0534	0.0468	-0.0686	-0.0462	0.2492	0.1159	0.2171	17.8824	14.7378	-61.199
8	1.6505	0.3137	0.1901	1.2388	0.4917	1.413	-0.0091	0.3065	0.2208	-0.0916	0.0278	-0.0587	-0.2564	0.1044	-0.0187	0.0839	-0.0544	-0.0361	0.1077	0.0932	0.0988	-3.2976	28.2819	-74.5151
9	1.2368	0.7237	0.0942	1.6141	-0.1103	1.7797	0.0276	-0.1024	0.3148	0.0837	0.0308	0.2907	-0.2592	-0.2235	-0.0583	0.0793	0.0242	0.0418	0.0641	0.0275	0.1749	-26.3498	27.5388	-57.8857
10	1.5519	0.4929	0.1035	1.841	-0.4081	1.3951	0.1039	-0.4512	0.0949	0.4173	-0.1721	0.1571	-0.247	0.0379	0.0683	0.2252	-0.0821	0.0335	0.23	0.0376	0.0763	-19.497	13.2357	-34.1943
11	1.6055	-0.3836	0.4307	0.8686	-0.0553	1.8352	0.1366	-0.0706	-0.2555	0.1077	-0.0102	0.0776	0.4355	-0.1809	-0.1264	0.2265	-0.109	-0.0724	0.1177	0.0831	0.1254	-59.9089	-44.3087	-45.9391
12	1.1208	0.1649	0.5153	1.583	-0.0395	1.4384	0.088	-0.1228	-0.0118	0.1935	0.0063	0.2165	-0.003	-0.3593	-0.0943	0.0434	-0.0289	0.0502	0.2605	0.0427	0.1145	-70.0168	-17.8077	-42.9235
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15	1.6449	-0.1431	0.279	1.0523	-0.2946	1.2616	0.1834	0.2333	-0.3363	-0.3075	-0.1216	-0.043	0.4843	0.0709	-0.0618	0.368	0.1382	-0.0717	0.1446	-0.0499	0.1927	-47.9404	-46.3574	-71.625
16	1.6178	-0.246	-0.1253	1.7273	-0.1877	1.6324	0.2532	-0.0691	0.1872	0.0717	0.006	0.2588	-0.5347	-0.6682	-0.2591	0.4328	0.4009	0.2404	0.586	0.1268	0.3998	-80.3876	21.2801	26.2768
17	0.94	-0.5443	-0.0871	1.7057	-0.276	1.5647	0.2234	0.1225	0.4911	0.215	0.0537	-0.1357	-0.8684	-0.0649	-0.2771	0.6601	0.0855	0.2561	0.0999	0.0575	0.394	-41.9643	30.3382	2.5186
18	1.9319	-0.7518	0.1837	2.6739	-0.6469	1.2655	0.1804	0.5258	0.1807	-0.216	0.0068	0.1518	-0.5073	-0.5341	-0.1873	0.423	0.2585	0.0792	0.4457	0.1336	0.2303	-60.6669	18.2969	-15.1099
19	1.9793	-0.785	-0.3586	1.6236	-0.4627	1.8727	0.2036	0.4192	-0.0176	-0.126	0.0116	0.3665	-0.2158	-0.9784	-0.2152	0.2721	0.3031	0.0487	0.8994	0.1623	0.4301	-84.4027	12.545	-0.4177
20	1.8827	-0.4675	-0.5355	1.9151	-0.2898	1.8168	0.1763	-0.4063	0.511	0.2277	0.1047	-0.0618	-0.8681	-0.0443	-0.281	0.7837	0.1778	0.278	0.2231	-0.0924	0.436	-54.0834	32.2825	28.1491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-10 - 9999
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-10 - 9999
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-10 - 9999
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-10 - 9999
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-10 - 9999
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-10 - 9999
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	-10 - 9999
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	-10 - 9999
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	-10 - 9999
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	-10 - 9999
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	-10 - 9999
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	-10 - 9999
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	-10 - 9999
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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