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万見
- PDB-3pzv: C2 crystal form of the endo-1,4-beta-glucanase from Bacillus subt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pzv
タイトルC2 crystal form of the endo-1,4-beta-glucanase from Bacillus subtilis 168
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta barrel / glycosyl hydrolase / cellulose binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) ...Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.867 Å
データ登録者Santos, C.R. / Paiva, J.H. / Akao, P.K. / Meza, A.N. / Silva, J.C. / Squina, F.M. / Ward, R.J. / Ruller, R. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Dissecting structure-function-stability relationships of a thermostable GH5-CBM3 cellulase from Bacillus subtilis 168.
著者: Santos, C.R. / Paiva, J.H. / Sforca, M.L. / Neves, J.L. / Navarro, R.Z. / Cota, J. / Akao, P.K. / Hoffmam, Z.B. / Meza, A.N. / Smetana, J.H. / Nogueira, M.L. / Polikarpov, I. / Xavier-Neto, J. ...著者: Santos, C.R. / Paiva, J.H. / Sforca, M.L. / Neves, J.L. / Navarro, R.Z. / Cota, J. / Akao, P.K. / Hoffmam, Z.B. / Meza, A.N. / Smetana, J.H. / Nogueira, M.L. / Polikarpov, I. / Xavier-Neto, J. / Squina, F.M. / Ward, R.J. / Ruller, R. / Zeri, A.C. / Murakami, M.T.
履歴
登録2010年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5934
ポリマ－144,5934
非ポリマー00
水54030
1
A: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1481
ポリマ－36,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1481
ポリマ－36,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1481
ポリマ－36,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endoglucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1481
ポリマ－36,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.359, 81.080, 114.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Endoglucanase / Carboxymethyl-cellulase / CMCase / Cellulase / Endo-1 / 4-beta-glucanase


分子量: 36148.203 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain, Unp residues 27-332 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: eglS, bglC, gld, BSU18130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10475, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350 200 mM sodium Nitrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.867→41.5 Å / Num. all: 57202 / Num. obs: 30407 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.867→41.464 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2961 1456 5.1 %
Rwork0.23 --
all0.245 28575 -
obs0.2335 28575 89.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.056 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.1486 Å20 Å210.0562 Å2
2---6.2013 Å20 Å2
3----11.9473 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.867→41.464 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9368 0 0 30 9398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26112996
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2353452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.867-2.96930.4494750.32031729X-RAY DIFFRACTION57
2.9693-3.08810.37791370.322383X-RAY DIFFRACTION80
3.0881-3.22860.36061380.28582679X-RAY DIFFRACTION89
3.2286-3.39880.35441650.27162776X-RAY DIFFRACTION93
3.3988-3.61160.28871490.26472833X-RAY DIFFRACTION94
3.6116-3.89030.32321650.2372905X-RAY DIFFRACTION96
3.8903-4.28140.25561360.20772917X-RAY DIFFRACTION96
4.2814-4.90010.27641640.20012937X-RAY DIFFRACTION97
4.9001-6.17040.28511490.23472966X-RAY DIFFRACTION97
6.1704-41.46840.27381780.20272994X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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