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万見
- PDB-3pzc: Crystal structure of class II aaRS homologue (Bll0957) complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pzc
タイトルCrystal structure of class II aaRS homologue (Bll0957) complexed with Coenzyme A
要素Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
キーワードLIGASE / amino acid:[carrier protein] ligase / seryl-tRNA synthetase / carrier protein / Coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


: / aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COENZYME A / GLYCYL-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE / Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Weygand-Durasevic, I. / Luic, M. / Mocibob, M. / Ivic, N. / Subasic, D.
引用
ジャーナル: Croatica Chemica Acta / 年: 2011
タイトル: Substrate Recognition by Novel Family of Amino Acid:[Carrier Protein] Ligases
著者: Mocibob, M. / Ivic, N. / Subasic, D. / Luic, M. / Weygand-Durasevic, I.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Homologs of aminoacyl-tRNA synthetases acylate carrier proteins and provide a link between ribosomal and nonribosomal peptide synthesis
著者: Mocibob, M. / Ivic, N. / Bilokapic, S. / Maier, T. / Luic, M. / Ban, N. / Weygand-Durasevic, I.
履歴
登録2010年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
B: Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,98211
ポリマ－76,3182
非ポリマー1,6649
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.194, 101.791, 50.623
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Amino acid--[acyl-carrier-protein] ligase 1 / Amino acid:[carrier-protein] ligase [AMP forming] 1 / aa:CP ligase 1 / Aminoacyl-[acyl-carrier- ...Amino acid:[carrier-protein] ligase [AMP forming] 1 / aa:CP ligase 1 / Aminoacyl-[acyl-carrier-protein] synthetase 1 / L-glycine:[acyl-carrier-protein] ligase 1


分子量: 38159.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: bll0957 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q89VT8, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの

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非ポリマー , 6種, 331分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GAP / GLYCYL-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE / グリシン5′-アデニリル


分子量: 404.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N6O8P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.17M ammonium acetate, 0.085M sodium acetate trihydrate, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日
放射モノクロメーター: Nova optical assembly incorporating graded multilayer optics
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20.86 Å / Num. all: 34431 / Num. obs: 32404 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.95 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.6755
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) allNum. measured allNum. unique all% possible all
2.2-2.323.170.441.7515675495299.89
2.32-2.463.420.332.2715966466899.98
2.46-2.634.090.262.9118059441899.94
2.63-2.844.680.194.06193774141100
2.84-3.115.010.135.76191073813100
3.11-3.485.550.089.19192193464100
3.48-4.026.910.0513.72212853081100
4.02-4.927.320.0321.92193572645100
4.92-6.967.140.0320.68147902072100
6.96-20.866.440.0231.317576117796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.9データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrysalisProProデータ収集
CrysalisProデータ削減
REFMAC5.2位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→20.86 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 1.88 / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 1605 4.95 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.1698 34460 --
obs0.1698 32404 94.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.832 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.64 Å2 / Biso mean: 26.3009 Å2 / Biso min: 4.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4663 Å20 Å2-0 Å2
2--3.9168 Å20 Å2
3----2.7701 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4462 0 88 322 4872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0416527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9761756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.27090.31381280.24562543267187
2.2709-2.3520.28361290.20392598272789
2.352-2.4460.25431350.18552607274289
2.446-2.55720.24651460.17462679282591
2.5572-2.69170.24411450.17192758290394
2.6917-2.860.21941480.16452785293395
2.86-3.08020.20781450.16992840298596
3.0802-3.38890.23091550.15582928308398
3.3889-3.87660.1941520.15112956310899
3.8766-4.87380.16831580.12652969312799
4.8738-20.86360.21471640.15873136330099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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