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万見
- PDB-3pz7: Crystal structure of Ccd1-DIX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pz7
タイトルCrystal structure of Ccd1-DIX domain
要素Dixin
キーワードSIGNALING PROTEIN / DIX domain / oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain ventricular zone progenitor cell division / cerebral cortex radially oriented cell migration / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / gamma-tubulin binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / canonical Wnt signaling pathway / stress fiber / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of actin cytoskeleton organization ...forebrain ventricular zone progenitor cell division / cerebral cortex radially oriented cell migration / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / gamma-tubulin binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / canonical Wnt signaling pathway / stress fiber / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of actin cytoskeleton organization / actin binding / postsynapse / protein domain specific binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein L25; Chain P - #130 / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Ribosomal Protein L25; Chain P / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain ...Ribosomal Protein L25; Chain P - #130 / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Ribosomal Protein L25; Chain P / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.441 Å
データ登録者Liu, Y.T. / Wang, J.W. / Chen, L. / Wu, J.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular basis of WNT Activation via the DIX-domain protein CCD1
著者: Liu, Y.T. / Dan, Q.J. / Wang, J.W. / Feng, Y.G. / Chen, L. / Liang, J. / Li, Q.X. / Lin, S.C. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.
履歴
登録2010年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dixin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6952
ポリマ－10,6331
非ポリマー621
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.576, 62.576, 77.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-21-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dixin / Ccd1 / Coiled-coil protein DIX1 / DIX domain-containing protein 1


分子量: 10632.595 Da / 分子数: 1 / 断片: DIX domain / 変異: L436M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q155Q3
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS SEQUENCE IS ISOFORM 2, Q155Q3-2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate, 20% PEG 3350, 4% Ethylene Glycol, 0.2M Ammonium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.44→31.581 Å / Num. all: 3680 / Num. obs: 3659 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 346 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.441→31.581 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7468 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 157 4.29 %RANDOM
Rwork0.2334 ---
all0.26 3680 --
obs0.2351 3659 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.089 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.87 Å2 / Biso mean: 39.3058 Å2 / Biso min: 24.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4135 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.4135 Å20 Å2
3----4.827 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.441→31.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数706 0 4 40 750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.481985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.656268
LS精密化 シェル解像度: 2.441→2.53 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 157 -
Rwork0.2334 3502 -
obs-346 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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