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- PDB-3pym: Structure of GAPDH 3 from S.cerevisiae at 2.0 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pym
タイトルStructure of GAPDH 3 from S.cerevisiae at 2.0 A resolution
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(P)-binding Rossmann-fold domain / Alpha and beta protein / glycolysis / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / Glycolysis / heme transport / melatonin binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / fungal-type cell wall / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / lipid droplet / reactive oxygen species metabolic process / gluconeogenesis ...Gluconeogenesis / Glycolysis / heme transport / melatonin binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / fungal-type cell wall / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / lipid droplet / reactive oxygen species metabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / NAD binding / NADP binding / mRNA binding / apoptotic process / heme binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MESO-ERYTHRITOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Kozielski, F. / Job, D. / Boscheron, C.
履歴
登録2010年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1777
ポリマ－71,5832
非ポリマー1,5945
水8,863492
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,35514
ポリマ－143,1664
非ポリマー3,18810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area20860 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area43030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.834, 131.052, 96.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-355-

HOH

21A-368-

HOH

31B-500-

HOH

41B-572-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3 / GAPDH 3


分子量: 35791.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00359, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRY / MESO-ERYTHRITOL / エリスリト-ル


分子量: 122.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 10.5-15.5% PEG, 50mM NaAc, 1mm DTT, 1mm NAD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月4日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.34 Å / Num. all: 52637 / Num. obs: 52575 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.091

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER(CCP4 supported)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GD1

1gd1


解像度: 2→44.615 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1888 5273 10.08 %random
Rwork0.1473 ---
all0.1516 57581 --
obs0.1516 52308 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.86 Å2 / ksol: 0.438 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3726 Å2-0 Å20 Å2
2---1.7782 Å2-0 Å2
3----0.5944 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5020 0 105 492 5617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5177098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2271900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.06890.20284900.15094573X-RAY DIFFRACTION98
2.0689-2.15170.22045640.1464603X-RAY DIFFRACTION99
2.1517-2.24960.18575170.14264641X-RAY DIFFRACTION99
2.2496-2.36820.20664900.14874672X-RAY DIFFRACTION99
2.3682-2.51660.21415310.15434675X-RAY DIFFRACTION100
2.5166-2.71090.18895420.13874722X-RAY DIFFRACTION100
2.7109-2.98360.19785470.13934704X-RAY DIFFRACTION100
2.9836-3.41520.1914780.15494774X-RAY DIFFRACTION100
3.4152-4.30230.17755880.14784743X-RAY DIFFRACTION100
4.3023-44.62640.16365260.14754928X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3165-0.6438-0.27550.60930.25640.3589-0.18810.01910.20710.21210.1099-0.08680.01340.0087-0.0868-0.00060.00570.05110.039-0.03-0.017230.066126.833327.6998
20.1769-0.0897-0.09610.10640.03170.0518-0.0177-0.0456-0.03660.1065-0.01230.05410.05930.00430.03420.0869-0.03180.04560.0698-0.00570.074246.07078.907128.6861
30.1463-0.12240.00620.39480.05150.17170.01620.1172-0.0355-0.086-0.07090.00320.0796-0.03390.04170.0926-0.01580.01890.0965-0.03310.057651.25997.489512.7995
40.49480.54940.29631.04730.51140.3164-0.17430.3132-0.0509-0.21220.295-0.1011-0.07140.1668-0.10530.1063-0.06420.02020.1932-0.0280.030359.982336.6375-6.5136
50.1186-0.01080.07610.0754-0.07640.09740.01290.0840.0643-0.0846-0.0677-0.08090.01410.05680.04850.08060.01090.02160.09750.02850.116964.652947.774114.5973
60.12180.09730.09610.3024-0.00260.132-0.0333-0.00720.1369-0.07830.0030.0658-0.0157-0.04140.02920.06450.0189-0.00570.07660.01770.165851.34952.764815.5165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:115)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 116:232)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 233:293)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 2:148)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 149:218)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 219:291)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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