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- PDB-3pxi: Structure of MecA108:ClpC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pxi
タイトルStructure of MecA108:ClpC
要素
  • Adapter protein mecA 1
  • Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
キーワードPROTEIN BINDING / ClpB / proteolysis / ClpC / ClpX / Hsp100/Clp / AAA+ proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of competence for transformation / negative regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / establishment of competence for transformation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein folding chaperone / protein-macromolecule adaptor activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MecA, C-terminal domain superfamily / Negative regulator of genetic competence, MecA / Negative regulator of genetic competence (MecA) / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain ...MecA, C-terminal domain superfamily / Negative regulator of genetic competence, MecA / Negative regulator of genetic competence (MecA) / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / : / Clp repeat (R) N-terminal domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / AAA domain (Cdc48 subfamily) / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB / Adapter protein MecA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.926 Å
データ登録者Wang, F. / Mei, Z.Q. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and mechanism of the hexameric MecA-ClpC molecular machine.
著者: Wang, F. / Mei, Z.Q. / Qi, Y. / Yan, C.G. / Hu, Q. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
履歴
登録2010年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Adapter protein mecA 1
A: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
b: Adapter protein mecA 1
B: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
c: Adapter protein mecA 1
C: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,0016
ポリマ－293,0016
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.806, 141.806, 656.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Adapter protein mecA 1


分子量: 13080.513 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 108-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mecA, BSU11520 / プラスミド: pET-27a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37958
#2: タンパク質 Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB


分子量: 84586.438 Da / 分子数: 3 / Mutation: E280A, E618A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: clpC, mecB, BSU00860 / プラスミド: pET-27a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37571

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 10% PEG 3350, 400mM magnesium formate, 100mM MES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月13日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.926→49.153 Å / Num. obs: 7032 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 486 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 26.31
反射 シェル解像度: 6.9→7.15 Å / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_596)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PXG, 1QVR

3pxg

1qvr


解像度: 6.926→49.153 Å / SU ML: 1.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.1 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THIS IS A 6.9A STRUCTURE, SO ONLY THE MAIN CHAIN CONFIRMATION AND DOMAIN ORIENTATION INFORMATION ARE MEANINGFUL. RESIDUE (C ALA 280) AND RESIDUE (C ILE 299) IS LINKED DUE TO THE POOR DENSITY. ...詳細: THIS IS A 6.9A STRUCTURE, SO ONLY THE MAIN CHAIN CONFIRMATION AND DOMAIN ORIENTATION INFORMATION ARE MEANINGFUL. RESIDUE (C ALA 280) AND RESIDUE (C ILE 299) IS LINKED DUE TO THE POOR DENSITY. RESIDUE GLU 664 AND RESIDUE LYS 686 IN CHAIN A, B, C SHOULD BE LINKED BUT THEY ARE NOT PROPERLY LINKED DUE TO THE POOR DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.4219 332 4.76 %thin Shell
Rwork0.4074 ---
obs0.4081 6977 99.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 648.396 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-77.4234 Å2-0 Å2-0 Å2
2--77.4234 Å20 Å2
3----154.8468 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.926→49.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18645 0 0 0 18645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01118824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49325312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.77180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
6.9263-7.150.49231760.47053195
8.7184-49.1540.40021560.39133450
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22960.22080.18970.0381-0.01020.1313-0.1721-0.9641-0.35440.1355-0.7796-1.01170.41521.3037-1.57846.1979-0.50430.15465.48480.64146.4991-67.4403-68.27430.5902
2-0.038-0.09930.0670.2690.0235-0.0830.3684-0.4109-2.47280.58850.0626-0.32950.87181.30240.84263.7492-0.86770.71624.94480.67116.9326-35.4469-20.249113.0666
30.33520.0881-0.41510.4338-0.10290.50570.73210.2404-0.3253-0.6396-0.9949-0.5024-0.30040.2269-0.9035.3442-0.8768-1.39068.00160.1814.5736-26.37090.794765.6952
40.12630.0226-0.22660.4712-0.33850.1946-1.44430.08263.04270.0691-0.9094-0.3187-1.70750.2763-2.48539.15770.71670.79532.7717-0.34266.318-54.3672-45.82862.868
5-0.11170.0596-0.0050.65820.58960.7788-0.0132-0.16180.3069-0.6232-1.6278-0.6397-0.92050.5513-1.36124.7033-0.0242-0.20927.08590.46644.189-30.7129-8.07733.4914
62.9287-0.4819-0.58770.4055-0.13680.60650.147-0.82582.14960.48480.2939-0.25590.35040.41181.60696.7462-6.6962-2.58978.1184.24917.3151-34.1005-8.285988.1306
70.72340.35910.36770.7428-0.13520.56180.7188-0.5444-1.07870.52720.4954-0.5776-0.11641.57630.97366.4331.5719-0.32146.44220.57255.0234-70.7204-10.196437.1104
80.8727-0.36440.7171.0928-0.47252.09670.013-0.28830.7817-0.2696-1.3757-1.0168-1.01021.1861-4.69435.2844-0.70340.44255.1103-0.47494.9636-65.6754-7.731270.57
91.80251.02561.16131.73710.04351.74050.3949-1.69050.92361.2128-2.5203-1.98660.6752-1.0891-3.31834.1345-0.6763-0.30084.00570.23665.8387-81.6437-30.953587.2034
100.456-0.5241-0.0740.23210.0740.34-0.24370.98660.0465-0.36410.153.23730.1373-1.0340.16536.0789-0.3931-0.25864.39050.92714.6739-84.1452-28.02082.8352
112.8984-0.0490.37541.0659-0.57611.66010.7715-1.1081.8074-3.5583-1.2734-1.35972.40050.8145-0.60110.15640.68451.07025.13830.51966.0218-60.30817.810932.9744
120.32420.2610.66241.67560.45031.223-0.196-0.82790.9837-0.7081-0.42450.31350.3416-0.7979-1.00437.4767-0.46470.47234.16720.06624.6846-64.69586.381684.7563
130.6970.51490.04851.0994-0.57561.0198-0.2315-0.22282.0684-0.63542.6721-0.041-2.1352-0.0572.65610.3139-0.55170.84965.2908-0.18565.5443-116.654-1.077919.862
140.3730.31310.23041.1208-0.68240.4157-1.5529-0.619-0.1487-1.16070.05312.682-1.2254-0.7607-1.738910.3735-1.8893-2.084613.96894.49378.5831-101.669518.391547.5234
150.2913-0.33940.65710.9569-0.21930.1349-0.1266-1.2962.2685-1.7534-1.881.492-2.6437-0.9999-2.99097.26720.1545-1.16156.5473-0.57335.3-111.03258.761981.8664
160.277-0.04850.12360.15770.10420.1468-1.21411.3323-0.2104-0.4036-0.5559-1.79210.4466-0.7871-1.41629.5563-0.9389-2.48117.4124-0.660612.7403-134.2772-24.17053.3392
170.5726-0.03040.21030.3458-0.11690.441-0.1363-1.32041.17571.02310.59121.447-0.9521-0.32841.003610.03213.0179-0.21376.16620.820310.3648-106.967621.390515.1792
180.38350.08760.0610.75740.19190.3193-2.4255-0.0154-0.3208-0.2055-1.3355-1.9795-0.263-0.8846-0.678513.1920.81375.607318.03564.187729.0204-93.734535.573660.3817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN a
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN b
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN c
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 3:149
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 3:145
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND RESID 2:146
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 155:340
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 156:340
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 156:340
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND RESID 341:484
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESID 341:484
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND RESID 341:484
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND RESID 492:712
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND RESID 492:712
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND RESID 492:712
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN A AND RESID 715:807
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND RESID 715:807
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND RESID 715:807

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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