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- PDB-3pxg: Structure of MecA121 and ClpC1-485 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pxg
タイトルStructure of MecA121 and ClpC1-485 complex
要素
  • Adapter protein mecA 1
  • Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
キーワードPROTEIN BINDING / ClpB / proteolysis / ClpC / ClpX / Hsp100/Clp / AAA+ proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of competence for transformation / negative regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / establishment of competence for transformation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein-macromolecule adaptor activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1950 / UVR domain / MecA, C-terminal domain superfamily / Negative regulator of genetic competence, MecA / Negative regulator of genetic competence (MecA) / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. ...Alpha-Beta Plaits - #1950 / UVR domain / MecA, C-terminal domain superfamily / Negative regulator of genetic competence, MecA / Negative regulator of genetic competence (MecA) / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / : / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, N-terminal domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Few Secondary Structures / Irregular / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB / Adapter protein MecA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.654 Å
データ登録者Wang, F. / Mei, Z.Q. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and mechanism of the hexameric MecA-ClpC molecular machine.
著者: Wang, F. / Mei, Z. / Qi, Y. / Yan, C. / Hu, Q. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2010年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Refinement description
改定 1.32013年10月16日Group: Database references
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Adapter protein mecA 1
A: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
b: Adapter protein mecA 1
B: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
c: Adapter protein mecA 1
C: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
d: Adapter protein mecA 1
D: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
e: Adapter protein mecA 1
E: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB
f: Adapter protein mecA 1
F: Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,66512
ポリマ－381,66512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.56, 137.56, 445.65
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22
32
42
52
13
23
33
43
53
63

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 3:145 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 3:145 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 2:145 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 3:142 )
511CHAIN E AND (RESSEQ 3:142 )
611CHAIN F AND (RESSEQ 3:145 )
112CHAIN A AND (RESSEQ 155:242 OR RESSEQ 258:280 OR RESSEQ 301:484 )
212CHAIN C AND (RESSEQ 156:245 OR RESSEQ 258:280 OR RESSEQ 299:484 )
312CHAIN D AND (RESSEQ 156:242 OR RESSEQ 258:280 OR RESSEQ 301:484 )
412CHAIN E AND (RESSEQ 156:242 OR RESSEQ 258:280 OR RESSEQ 301:484 )
512CHAIN F AND (RESSEQ 156:242 OR RESSEQ 258:280 OR RESSEQ 300:484 )
113CHAIN a AND (RESSEQ 125:218 )
213CHAIN b AND (RESSEQ 125:218 )
313CHAIN c AND (RESSEQ 125:218 )
413CHAIN d AND (RESSEQ 124:218 )
513CHAIN e AND (RESSEQ 124:218 )
613CHAIN f AND (RESSEQ 125:218 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
Adapter protein mecA 1


分子量: 11533.901 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 121-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET-27a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37958
#2: タンパク質
Negative regulator of genetic competence ClpC/MecB


分子量: 52076.953 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 1-485 / Mutation: E280A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET-27a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37571

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG 3350, 450mM sodium malonate, 100mM MES, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.654→49.524 Å / Num. obs: 53303 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 19.34 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 115.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 19.34
反射 シェル解像度: 3.65→3.78 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique all: 4185 / % possible all: 76.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y1R, 1QVR

2y1r

1qvr


解像度: 3.654→49.524 Å / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: LINKING BETWEEN RESIDUE (C ALA 280) AND RESIDUE (C ILE 299) WAS DUE TO THE POOR DENSITY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 2858 5.37 %
Rwork0.2574 --
obs0.26 53221 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 287.8 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.861 Å20 Å20 Å2
2---2.861 Å2-0 Å2
3---5.3788 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.654→49.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24809 0 0 0 24809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.11426784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.98535480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.44715824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0933939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054408
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1085X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1085X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
13C1085X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
14D1070X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
15E1070X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
16F1085X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
21A2263X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C2263X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
23D2272X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
24E2272X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
25F2272X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.067
31A772X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B772X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
33C772X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
34D772X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
35E772X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
36F772X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.6543-3.7172000.4015210075
3.7172-3.78480.44558670.3764130681
3.7848-3.8576000.3674234086
3.8576-3.9363000.3466250091
3.9363-4.0219000.3266255795
4.0219-4.1154000.3084263797
4.1154-4.2182000.2891271099
4.2182-4.3322000.27982751100
4.3322-4.45960.32896280.25572098100
4.4596-4.60350.32162540.22392503100
4.6035-4.7679000.20692747100
4.7679-4.9586000.2182737100
4.9586-5.184000.24082748100
5.184-5.457000.23962742100
5.457-5.79840.32116820.24712089100
5.7984-6.2454000.24142796100
6.2454-6.8724000.23682794100
6.8724-7.8634000.22082782100
7.8634-9.89410.22553560.18972525100
9.8941-49.52850.2187710.206290199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.74070.45351.07262.61572.50853.3765-0.7693-0.9636-2.41220.74261.2262-0.43161.09110.9477-0.31041.00440.44990.28180.8716-0.44192.042616.3414-111.545495.1634
24.4905-2.3267-0.58336.49722.99153.1096-0.0122-0.29960.44011.2419-0.69311.0210.4798-0.0365-0.19870.9164-0.4412-0.19430.6316-0.2980.4415-25.2355-77.764983.59
38.69995.37545.49765.77333.16043.2494-0.027-1.25711.44680.3216-0.00610.8044-0.1937-1.11540.14910.23440.15420.01211.10790.24560.0742-18.7643-23.988286.2141
48.5083-2.87084.89182.0493-0.95183.2367-1.5516-0.8051.87471.08470.89-1.0913-0.6262-0.7556-0.40790.6533-0.26180.61460.41870.6328-0.13230.7081-4.514799.1725
53.9756-1.23161.912.85841.24832.34471.02371.38130.35711.31760.0527-2.16311.05820.2478-0.76011.1020.18620.42661.18610.18341.981272.7806-37.6312111.9471
68.22853.48095.39034.12770.67654.08810.2672-1.3674-2.0318-0.4377-0.1483-1.1888-0.6133-0.9604-0.02030.76550.41370.6451.7455-0.2363.129165.2749-92.134110.9313
77.1798-5.52412.53921.7165-1.05510.50740.9482-0.6509-1.8453-0.6710.23740.68370.5298-0.0867-0.34490.4526-0.0440.17880.5655-0.07261.1445-2.5819-92.0527123.1675
81.56550.38210.91787.28031.30611.5768-0.7994-0.50260.76970.20390.55181.76590.20390.17270.19340.35310.14070.18320.5716-0.04590.6201-22.9402-59.0856115.5394
94.6064.10611.9912.51941.83112.00630.08051.12840.69310.4528-0.2379-0.0070.10160.2761-0.14070.8380.34310.03150.9295-0.00270.8567-5.3299-24.729123.8161
106.2393-2.04512.97460.5174-1.20972.25280.2274-0.99810.73950.1738-0.5313-0.3705-0.2928-0.31660.32340.7381-0.0157-0.21470.8935-0.1471.436232.7716-22.5472133.9253
111.1754-0.2627-0.34995.81160.04720.6307-0.1636-0.2742-0.00420.2980.2331-0.4321-0.0088-0.133-0.13440.1524-0.0265-0.19970.48240.15010.528353.8868-56.2636139.4082
124.6236-1.86371.15521.55180.39131.34961.01360.0042-0.12090.041-0.37910.53410.0601-0.0996-0.55240.6295-0.31610.02980.57080.20230.866835.967-91.3454134.5446
133.24183.64790.12443.6320.50841.7859-0.33080.522-2.2149-0.33771.0184-0.30150.46811.3829-0.65491.22210.3287-0.25932.306-0.85513.96340.7476-113.6021103.2615
143.121-0.719-3.83653.1659-0.70746.1075-0.1580.0496-2.1235-0.0232-0.6226-1.60940.95990.27580.66170.5912-0.2024-0.13420.4191-0.1031.3247-12.7345-99.530985.0636
154.1829-2.0438-1.66795.5811-1.87612.7849-0.17510.2157-1.9906-0.43240.47190.49081.3618-1.01460.15710.2404-0.0484-0.09730.3924-0.17651.0517-32.3823-45.277382.8163
168.1588-1.3857-4.63533.9801-0.8989.304-0.49171.50981.36550.2625-0.17081.2-0.8792-1.28220.64390.6782-0.2071-0.34520.56540.15921.08966.7695-3.401292.0166
176.37410.171-3.03710.6993-0.39084.40070.35710.7650.2978-0.7632-0.9766-1.4803-0.33110.70190.60890.71580.10550.24071.24440.64871.511661.1592-15.7529107.6286
180.31260.7296-0.90622.46440.69268.6803-0.3392-0.4106-0.90660.3172-0.026-1.4583-1.1161.1150.24831.44330.28650.41661.40390.31544.078778.5312-70.7656113.833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1:149
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 1:149
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESID 1:149
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND RESID 1:149
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND RESID 1:149
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F AND RESID 1:149
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 150:485
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 150:485
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 150:485
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 150:485
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN E AND RESID 150:485
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN F AND RESID 150:485
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN a
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN b
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16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN d
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN e
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN f

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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