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万見
- PDB-3pwz: Crystal structure of an Ael1 enzyme from Pseudomonas putida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pwz
タイトルCrystal structure of an Ael1 enzyme from Pseudomonas putida
要素Shikimate dehydrogenase 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta / shikimate dehydrogenase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.705 Å
データ登録者Christendat, D. / Peek, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural and mechanistic analysis of a novel class of shikimate dehydrogenases: evidence for a conserved catalytic mechanism in the shikimate dehydrogenase family.
著者: Peek, J. / Lee, J. / Hu, S. / Senisterra, G. / Christendat, D.
履歴
登録2010年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate dehydrogenase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7041
ポリマ－29,7041
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.281, 49.246, 60.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Shikimate dehydrogenase 3


分子量: 29703.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: Ael1, aroE-2, aroE3, PP3002, PP_3002 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q88IJ7, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 0.1M NaHEPES, 2M (NH4)2SO4, and 1.5% PEG400, pH 7.5, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9177
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9177 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35 Å / Num. all: 30302 / Num. obs: 27408 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 256.6 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 57

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
AMoRE位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.705→30.147 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 1262 4.85 %
Rwork0.2123 --
obs0.2138 26029 85.74 %
all-30302 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.858 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.5282 Å2-0 Å2-6.4922 Å2
2---4.1672 Å2-0 Å2
3----5.361 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.705→30.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 0 146 2230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0722865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.226796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7054-1.77370.3808760.27191680X-RAY DIFFRACTION52
1.7737-1.85440.31321090.2582052X-RAY DIFFRACTION65
1.8544-1.95220.26791220.23962482X-RAY DIFFRACTION78
1.9522-2.07440.28921600.23652845X-RAY DIFFRACTION90
2.0744-2.23460.25851580.22053019X-RAY DIFFRACTION94
2.2346-2.45930.261490.21773104X-RAY DIFFRACTION96
2.4593-2.8150.25541600.22013121X-RAY DIFFRACTION98
2.815-3.54570.23161510.20793215X-RAY DIFFRACTION99
3.5457-30.1520.21571770.1943249X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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