PDB-3pwg: Crystal structure of the mutant S29G.P34A of D-Glucarate dehydrat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pwg

タイトル

Crystal structure of the mutant S29G.P34A of D-Glucarate dehydratase from Escherichia coli complexed with product 5-keto-4-deoxy-D-Glucarate

要素

Glucarate dehydratase

キーワード

LYASE / Enolase superfamily fold / D-Glucarate dehydratase / 5-keto-4-deoxy-D-Glucarate

機能・相同性

機能・相同性情報

glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the mutant S29G.P34A of D-Glucarate dehydratase from Escherichia Coli complexed with product 5-keto-4-deoxy-D-Glucarate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pwg.cif.gz	337.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pwg.ent.gz	275 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pwg_validation.pdf.gz	490.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pwg_full_validation.pdf.gz	516 KB	表示
XML形式データ	3pwg_validation.xml.gz	62.2 KB	表示
CIF形式データ	3pwg_validation.cif.gz	83.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/3pwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/3pwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ec8
類似構造データ	3p0w-1 3ahe-d 2xxz-d 4uzj-d 2p5t-3 4it1-1 6lc8-d 3pwi-1 4cib-1 3pwi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glucarate dehydratase

B: Glucarate dehydratase

C: Glucarate dehydratase

D: Glucarate dehydratase

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucarate dehydratase

C: Glucarate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucarate dehydratase

D: Glucarate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.124, 130.658, 158.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glucarate dehydratase 分子量: 49140.793 Da / 分子数: 4 / 変異: S29G.P34A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 str. EC4042 / 遺伝子: ECH74042_A2717 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2KTD9, UniProt: P0AES2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GLR / 2,3-DIHYDROXY-5-OXO-HEXANEDIOATE 分子量: 190.108 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O₇
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Hepes, 0.2M sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.874 Å / Num. all: 128604 / Num. obs: 128604 / % possible obs: 92.73 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→39.874 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2799	6462	5.02 %	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
all	0.2335	128604	-	-
obs	0.2335	128604	92.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.873 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.7359 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.0884 Å²	0 Å²
3-	-	-	20.8242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.874 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13505	0	74	168	13747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13876
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	18800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.499	5061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2049
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.4789	70	0.5142	1292	X-RAY DIFFRACTION	30
2.0227-2.0465	0.4994	87	0.4881	1860	X-RAY DIFFRACTION	43
2.0465-2.0715	0.4968	147	0.4604	2901	X-RAY DIFFRACTION	66
2.0715-2.0977	0.4652	199	0.4421	3633	X-RAY DIFFRACTION	84
2.0977-2.1253	0.4494	185	0.4179	3649	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1253-2.1544	0.4433	213	0.406	4016	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1544-2.1852	0.4055	229	0.3833	4078	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1852-2.2178	0.4024	224	0.3781	4178	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2178-2.2525	0.4202	230	0.3513	4241	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2525-2.2894	0.404	225	0.3412	4233	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2894-2.3289	0.3777	249	0.3259	4276	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3289-2.3712	0.364	217	0.2995	4326	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3712-2.4168	0.3391	217	0.2836	4354	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4168-2.4661	0.3442	197	0.2776	4369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4661-2.5198	0.3266	223	0.2707	4365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5784	0.3256	223	0.2585	4352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6428	0.322	209	0.2631	4414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.7143	0.3264	234	0.2604	4369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7143-2.7941	0.2977	250	0.2613	4346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7941-2.8843	0.338	216	0.2653	4414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8843-2.9873	0.3539	260	0.2707	4348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9873-3.1069	0.335	241	0.2626	4398	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1069-3.2482	0.2966	242	0.2497	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2482-3.4194	0.3064	234	0.2317	4420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4194-3.6335	0.2627	241	0.2133	4387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6335-3.9138	0.2149	242	0.1893	4426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9138-4.3073	0.2065	241	0.1597	4441	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3073-4.9296	0.1921	245	0.1496	4456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9296-6.2069	0.2022	216	0.1633	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2069-39.8815	0.2062	256	0.1633	4661	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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