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- PDB-3pvl: Structure of myosin VIIa MyTH4-FERM-SH3 in complex with the CEN1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pvl
タイトルStructure of myosin VIIa MyTH4-FERM-SH3 in complex with the CEN1 of Sans
要素
  • Myosin VIIa isoform 1
  • Usher syndrome type-1G protein
キーワードMOTOR PROTEIN/PROTEIN TRANSPORT (機関 (機械)) / protein complex (タンパク質複合体) / Novel folding / protein cargo binding / cargo proteins (貨物) / MOTOR PROTEIN-PROTEIN TRANSPORT complex (機関 (機械))
機能・相同性
機能・相同性情報


: / photoreceptor cell cilium / pigment granule localization / upper tip-link density / pigment granule transport / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / microfilament motor activity => GO:0000146 / stereocilium base / myosin VII complex / phagolysosome assembly ...: / photoreceptor cell cilium / pigment granule localization / upper tip-link density / pigment granule transport / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / microfilament motor activity => GO:0000146 / stereocilium base / myosin VII complex / phagolysosome assembly / inner ear receptor cell differentiation / protein localization => GO:0008104 / regulation of clathrin-dependent endocytosis / 平衡感覚 / sensory perception of light stimulus / mechanoreceptor differentiation / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / sensory organ development / actin filament-based movement / : / inner ear auditory receptor cell differentiation / 知覚 / stereocilium / cell projection organization / vesicle transport along actin filament / photoreceptor cell maintenance / auditory receptor cell stereocilium organization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / myosin complex / ciliary base / inner ear morphogenesis / microfilament motor activity / spectrin binding / lysosome organization / cochlea development / 微絨毛 / cytoskeletal motor activity / inner ear development / photoreceptor outer segment / カハール体 / 食作用 / 視覚 / photoreceptor inner segment / ciliary basal body / actin filament organization / sensory perception of sound / intracellular protein transport / protein localization / ADP binding / actin filament binding / メラノソーム / マイクロフィラメント / actin binding / 細胞皮質 / vesicle / calmodulin binding / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / protein domain specific binding / 中心体 / シナプス / protein-containing complex binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
USH1G, SAM domain / MyTH4 domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails ...USH1G, SAM domain / MyTH4 domain / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / IQ calmodulin-binding motif / Myosin S1 fragment, N-terminal / SAM domain (Sterile alpha motif) / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / SH3 Domains / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Kinesin motor domain superfamily / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / Ubiquitin-like (UB roll) / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Αソレノイド / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Unconventional myosin-VIIa / pre-mRNA splicing regulator USH1G / Unconventional myosin-VIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu, L. / Pan, L.F. / Wei, Z.Y. / Zhang, M.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Structure of MyTH4-FERM domains in myosin VIIa tail bound to cargo.
著者: Wu, L. / Pan, L. / Wei, Z. / Zhang, M.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin VIIa isoform 1
B: Usher syndrome type-1G protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,58813
ポリマ－84,5692
非ポリマー1,01911
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.864, 98.864, 242.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Myosin VIIa isoform 1


分子量: 74353.219 Da / 分子数: 1 / 断片: MyTH4-FERM-SH3 region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myo7a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5MJ57, UniProt: P97479*PLUS
#2: タンパク質 Usher syndrome type-1G protein / Scaffold protein containing ankyrin repeats and SAM domain


分子量: 10215.873 Da / 分子数: 1 / 断片: Central region of Sans, the CEN1 motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USH1G, SANS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q495M9
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M MgCl2, 0.1M HEPES, pH 7.5, 22% (w/v) polyacrylic acid sodium salt 5100, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 34633 / Num. obs: 32761 / % possible obs: 99.57 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 31 / Num. unique all: 34633 / % possible all: 99.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 11.315 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.7 / σ(I): 3.7 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25903 1740 5 %RANDOM
Rwork0.22764 ---
all0.22922 34633 --
obs0.22922 32761 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.08 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4888 0 64 38 4990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.981.9726852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.925610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23923.465228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.83615855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9261535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.40223062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64534950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3842004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.58561901
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 134 -
Rwork0.352 2418 -
obs--99.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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