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- PDB-3pvj: Crystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent tau... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pvj
タイトルCrystal structure of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent taurine dioxygenase from Pseudomonas putida KT2440
要素Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / jelly roll motif / dioxygenase / Fe(II) binding
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfonate dioxygenase activity / sulfur compound catabolic process / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / iron ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CHASE domain / : / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Knauer, S.H. / Spiegelhauer, O. / Schwarzinger, S. / Haenzelmann, P. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Biochemical and structural characterization of the Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent taurine dioxygenase from Pseudomonas putida KT2440
著者: Knauer, S.H. / Hartl-Spiegelhauer, O. / Schwarzinger, S. / Haenzelmann, P. / Dobbek, H.
履歴
登録2010年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
B: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
C: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
D: Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6076
ポリマ－124,5364
非ポリマー712
水23,2211289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area43780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.249, 105.339, 171.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase


分子量: 31134.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
株: KT2440 / 遺伝子: PP0230, PP_0230, tauD / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88RA3, taurine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 116766 / Num. obs: 116115 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 15.64
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OTJ

1otj


解像度: 1.85→28.572 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1913 5804 5 %random
Rwork0.1566 ---
obs0.1583 116103 99.47 %-
all-116766 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.552 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9508 Å20 Å2-0 Å2
2--2.2213 Å20 Å2
3----3.1721 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8770 0 2 1289 10061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15312623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6813395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.91610.25245710.208310862X-RAY DIFFRACTION99
1.9161-1.99280.2135740.182210895X-RAY DIFFRACTION99
1.9928-2.08350.21285740.167510907X-RAY DIFFRACTION100
2.0835-2.19330.20785780.153810979X-RAY DIFFRACTION100
2.1933-2.33060.17315760.142410970X-RAY DIFFRACTION100
2.3306-2.51050.18275820.139211058X-RAY DIFFRACTION100
2.5105-2.7630.18655810.140911043X-RAY DIFFRACTION100
2.763-3.16230.18765840.144611086X-RAY DIFFRACTION100
3.1623-3.98250.17325850.139611114X-RAY DIFFRACTION99
3.9825-28.57510.18355990.163111385X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.535-0.10530.12110.6308-0.05710.60720.0141-0.027-0.03140.08760.0213-0.0558-0.03250.0268-0.03110.0337-0.0183-0.01910.0444-0.00260.033219.461146.914661.4172
20.70840.02730.56911.1827-0.54341.4178-0.12950.12710.10320.05820.0478-0.1302-0.2750.1380.0880.1302-0.0346-0.00580.11250.01550.09966.60388.08174.2392
30.2562-0.40290.09680.9381-0.12680.5592-0.0039-0.003-0.06850.06450.06180.17480.0068-0.1427-0.06680.08810.01620.020.1630.04310.1336-20.390978.485759.0637
40.25660.2019-0.19671.29210.05520.5712-0.06690.048-0.00590.03810.06190.17210.0997-0.12790.00580.1202-0.06130.00430.15010.01950.1413-8.074539.212676.6607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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