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- PDB-3pvi: D34G MUTANT OF PVUII ENDONUCLEASE COMPLEXED WITH COGNATE DNA SHOW... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pvi
タイトルD34G MUTANT OF PVUII ENDONUCLEASE COMPLEXED WITH COGNATE DNA SHOWS THAT ASP34 IS DIRECTLY INVOLVED IN DNA RECOGNITION AND INDIRECTLY INVOLVED IN CATALYSIS
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • PROTEIN (PVUII ENDONUCLEASE)
キーワードHYDROLASE/DNA / COMPLEX (RESTRICTION ENDONUCLEASE-DNA) / MUTANT / PROTEIN/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PVUII Endonuclease, subunit A / Restriction endonuclease, type II, PvuII / Restriction endonuclease, type II, PvuII superfamily / Restriction endonuclease PvuII / PvuII Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme PvuII
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Horton, J.R. / Cheng, X.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Asp34 of PvuII endonuclease is directly involved in DNA minor groove recognition and indirectly involved in catalysis.
著者: Horton, J.R. / Nastri, H.G. / Riggs, P.D. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Structure of PvuII Endonuclease with Cognate DNA
著者: Cheng, X. / Balendiran, K. / Schildkraut, I. / Anderson, J.E.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1994
タイトル: Expression, Purification, and Crystallization of Restriction Endonuclease PvuII with DNA Containing its Recognition Site
著者: Balendiran, K. / Bonventre, J. / Knott, R. / Jack, W. / Benner, J. / Schildkraut, I. / Anderson, J.E.
履歴
登録1998年10月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
A: PROTEIN (PVUII ENDONUCLEASE)
B: PROTEIN (PVUII ENDONUCLEASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5614
ポリマ－44,5614
非ポリマー00
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.800, 86.300, 48.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*C)-3') / COGNATE OLIGONUCLEOTIDE


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (PVUII ENDONUCLEASE)


分子量: 18312.957 Da / 分子数: 2 / Mutation: D34G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / プラスミド: PBBE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PR653 / 参照: UniProt: P23657
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19.5 mg/mlprotein1drop
21.6 mg/mlDNA duplex1drop
38 %(v/v)PEG40001drop
40.3 mMEDTA1drop
5200 mMsodium acetate1drop
68 %(v/v)PEG40001reservoir
70.3 mMEDTA1reservoir
8200 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.14
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→40 Å / Num. obs: 52374 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.75 % / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル解像度: 1.59→1.66 Å / Rsym value: 0.317 / % possible all: 69
反射
*PLUS
Num. measured all: 301390

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1PVI

1pvi


解像度: 1.59→5 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 5047 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 50527 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2676 526 0 269 3471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.66 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor%反射
Rfree0.345 10 %
Rwork0.317 -
obs-69 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARRAM11.DNATOPH11.DNA
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMMULTI_TOP_NDBX3.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 5 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.345 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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