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- PDB-3pva: PENICILLIN V ACYLASE FROM B. SPHAERICUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pva
タイトルPENICILLIN V ACYLASE FROM B. SPHAERICUS
要素PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
キーワードHYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / NTN HYDROLASE / PENICILLIN V ACYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin amidase / penicillin amidase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin V Acylase; Chain A / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin V acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Suresh, C.G. / Pundle, A.V. / Rao, K.N. / Sivaraman, H. / Brannigan, J.A. / Mcvey, C.E. / Verma, C.S. / Dauter, Z. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Penicillin V acylase crystal structure reveals new Ntn-hydrolase family members.
著者: Suresh, C.G. / Pundle, A.V. / SivaRaman, H. / Rao, K.N. / Brannigan, J.A. / McVey, C.E. / Verma, C.S. / Dauter, Z. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G.
履歴
登録1998年11月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
B: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
C: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
D: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
E: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
F: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
G: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
H: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,5138
ポリマ－297,5138
非ポリマー00
水50,4422800
1
A: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
B: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
C: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
D: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7564
ポリマ－148,7564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19230 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area45480 Å2
手法PISA, PQS
2
E: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
F: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
G: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)
H: PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7564
ポリマ－148,7564
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19250 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area45510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.400, 129.600, 156.700
Angle α, β, γ (deg.)88.30, 83.40, 84.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (PENICILLIN V ACYLASE) / PENICILLIN V AMIDASE


分子量: 37189.105 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
参照: UniProt: P12256, penicillin amidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化pH: 6.4
詳細: 5MM DTT, 30% AS, 1% SUCROSE, 0.2M NA PHOSPHATE, PH 6.4
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 Msodium phosphate1reservoirpH6.4
23 mMdithiothreitol1reservoir
40.9 %(w/v)sucrose solution1reservoir
515 mg/mlprotain1drop
60.2 Msodium phosphate1drop
3ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→18 Å / Num. obs: 77056 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 111412

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: REFINED STRUCTURE FROM HEXAGONAL FORM

解像度: 2.8→14 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 3858 5 %
Rwork0.211 --
obs-72876 85 %
原子変位パラメータBiso mean: 56.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20840 0 0 2800 23640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 14 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 56.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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