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- PDB-3pv5: Structure of Legionella fallonii DegQ (N189G/P190G variant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pv5
タイトルStructure of Legionella fallonii DegQ (N189G/P190G variant)
要素DegQ
キーワードHYDROLASE / trypsin fold / PDZ domain / chaperone protease
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / Thrombin, subunit H - #120 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. ...Peptidase S1C, Do / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / Thrombin, subunit H - #120 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Legionella fallonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wrase, R. / Scott, H. / Hilgenfeld, R. / Hansen, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: The Legionella HtrA homologue DegQ is a self-compartmentizing protease that forms large 12-meric assemblies.
著者: Wrase, R. / Scott, H. / Hilgenfeld, R. / Hansen, G.
履歴
登録2010年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,7424
ポリマ－191,7424
非ポリマー00
水2,936163
1
A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ

A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ

A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)575,22612
ポリマ－575,22612
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area46920 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area191020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.110, 137.110, 326.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
DegQ


分子量: 47935.523 Da / 分子数: 4 / 変異: N189G, P190G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella fallonii (バクテリア)
プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 degP- mutation / 参照: UniProt: F8W674*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 32% (v/v) PEG 400, 100 mM MES pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→111.61 Å / Num. all: 89543 / Num. obs: 89543 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.5350.5691.465692130940.56999.9
2.53-2.685.10.3562.263218123870.35699.9
2.68-2.875.20.2263.460780115940.226100
2.87-3.15.40.145.458657108120.14100
3.1-3.395.60.0878.25631099790.087100
3.39-3.795.80.05911.55175989840.059100
3.79-4.385.80.0512.64618279820.05100
4.38-5.375.80.05311.53902767290.053100
5.37-7.595.80.04414.13005151650.044100
7.59-43.9535.60.027221585628170.02799.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PV2

3pv2


解像度: 2.4→44.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.178 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2846 4493 5 %RANDOM
Rwork0.2311 ---
obs0.23379 89543 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.96 Å2 / Biso mean: 44.712 Å2 / Biso min: 16.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11448 0 0 163 11611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02211588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.97715688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.039319105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.31851519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27725.885435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.118152062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0811547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1311.57590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2081.53163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.116212255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.87533998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.764.53433
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 332 -
Rwork0.362 6270 -
all-6602 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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