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- PDB-3pv3: Structure of Legionella fallonii DegQ (S193A variant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pv3
タイトルStructure of Legionella fallonii DegQ (S193A variant)
要素
  • DegQ
  • Substrate peptide (Poly-Ala)
キーワードHYDROLASE / trypsin fold / PDZ domain / chaperone protease
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / Thrombin, subunit H - #120 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. ...Peptidase S1C, Do / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / Thrombin, subunit H - #120 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Legionella fallonii (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wrase, R. / Scott, H. / Hilgenfeld, R. / Hansen, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: The Legionella HtrA homologue DegQ is a self-compartmentizing protease that forms large 12-meric assemblies.
著者: Wrase, R. / Scott, H. / Hilgenfeld, R. / Hansen, G.
履歴
登録2010年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ
E: Substrate peptide (Poly-Ala)
F: Substrate peptide (Poly-Ala)
G: Substrate peptide (Poly-Ala)
H: Substrate peptide (Poly-Ala)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,9478
ポリマ－198,9478
非ポリマー00
水00
1
A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ
E: Substrate peptide (Poly-Ala)
F: Substrate peptide (Poly-Ala)
G: Substrate peptide (Poly-Ala)
H: Substrate peptide (Poly-Ala)

A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ
E: Substrate peptide (Poly-Ala)
F: Substrate peptide (Poly-Ala)
G: Substrate peptide (Poly-Ala)
H: Substrate peptide (Poly-Ala)

A: DegQ
B: DegQ
C: DegQ
D: DegQ
E: Substrate peptide (Poly-Ala)
F: Substrate peptide (Poly-Ala)
G: Substrate peptide (Poly-Ala)
H: Substrate peptide (Poly-Ala)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)596,84124
ポリマ－596,84124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area49560 Å2
ΔGint-309 kcal/mol
Surface area200710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.030, 155.030, 260.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
DegQ


分子量: 48016.637 Da / 分子数: 4 / 変異: S193A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella fallonii (バクテリア)
プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 degP- / 参照: UniProt: F8W673*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Substrate peptide (Poly-Ala)


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
配列の詳細A MIXTURE OF NATURAL OCCURRING PEPTIDE FRAGMENTS WERE FOUND IN THE ACTIVE SITE FOR WHICH THE ...A MIXTURE OF NATURAL OCCURRING PEPTIDE FRAGMENTS WERE FOUND IN THE ACTIVE SITE FOR WHICH THE SEQUENCE IS UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 22.5% (v/v) PEG 400, 100 mM glycine pH 9.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: Rayonics MX-225 3x3 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月12日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→119.351 Å / Num. all: 41803 / Num. obs: 41803 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.1-3.272.90.4551.70.455199.4
3.27-3.472.90.2852.70.285199.2
3.47-3.712.90.1913.90.191199.1
3.71-42.90.14350.143198.9
4-4.382.90.1096.30.109198.8
4.38-4.92.90.0927.20.092198.5
4.9-5.662.90.0887.50.088198.3
5.66-6.9330.0956.80.095197.9
6.93-9.830.0629.80.062197.5
9.8-58.6142.90.0538.20.053196.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PV2

3pv2


解像度: 3.1→59.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2919 2109 5 %RANDOM
Rwork0.22419 ---
obs0.2277 39691 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.14 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→59.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11766 0 0 0 11766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02211909
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.97616131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.432319557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7951562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.13225.867450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.928152091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3311550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02113144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022038
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5291.57832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.53236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.977212622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02134077
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8514.53509
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 163 -
Rwork0.287 2913 -
obs--99.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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