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- PDB-3pug: Haloferax volcanii Malate Synthase Native at 3mM Glyoxylate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pug
タイトルHaloferax volcanii Malate Synthase Native at 3mM Glyoxylate
要素Malate Synthase
キーワードTRANSFERASE / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


malate synthase / malate synthase activity / oxaloacetate metabolic process / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1560 / : / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1560 / : / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYOXYLIC ACID / : / Malate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax volcanii (古細菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Howard, B.R. / Bracken, C.D. / Neighbor, A.M. / Thomas, G.C. / Lamlenn, K.K. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
著者: Bracken, C.D. / Neighbor, A.M. / Lamlenn, K.K. / Thomas, G.C. / Schubert, H.L. / Whitby, F.G. / Howard, B.R.
履歴
登録2010年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,46311
ポリマ－48,0671
非ポリマー39710
水1,27971
1
A: Malate Synthase
ヘテロ分子

A: Malate Synthase
ヘテロ分子

A: Malate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,39033
ポリマ－144,2013
非ポリマー1,19030
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area16740 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area42110 Å2
手法PISA
2
A: Malate Synthase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,78066
ポリマ－288,4016
非ポリマー2,37960
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area43070 Å2
ΔGint-360 kcal/mol
Surface area74620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.370, 156.370, 141.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

CL

21A-472-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Malate Synthase


分子量: 48066.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ATCC / 由来: (天然) Haloferax volcanii (古細菌) / 株: ATCC 29605, DS2 / 参照: UniProt: D4GTL2, malate synthase

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非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: PEG 4500, glycerol, 2M KCl,13 mM MgCl2, 3mM Glyoxylate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月18日 / 詳細: R-axis IV, confocal optics
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SIRAS / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 14.23 / 数: 271479 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.11 / D res high: 2.1 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 73241 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.523096.310.0991.3393.9
3.594.5299.210.0781.2843.8
3.143.5999.610.081.1893.8
2.853.1499.910.1051.2033.7
2.652.8510010.1341.1323.7
2.492.6510010.1661.0693.7
2.372.4910010.2041.0173.7
2.262.3710010.2430.9893.6
2.182.2699.910.3150.9743.6
2.12.1810010.3740.8733.6
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 18255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.85.70.38317910.9471100
2.8-2.915.70.30118211.0681100
2.91-3.045.80.2317961.0651100
3.04-3.25.70.18318101.0711100
3.2-3.45.80.14618161.0641100
3.4-3.665.80.12718161.0321100
3.66-4.035.80.10118211.0581100
4.03-4.615.80.07718330.9611100
4.61-5.85.80.06518461.0311100
5.8-305.50.04819050.924199.8

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing dmFOM : 0.71 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.74 / 反射: 17020 / Reflection acentric: 15865 / Reflection centric: 1155
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.7-19.9380.930.930.9765624141
4.8-7.70.860.860.8224142169245
3.9-4.80.850.860.7929482726222
3.4-3.90.80.80.7829012732169
2.9-3.40.610.610.6550344781253
2.7-2.90.440.440.4729582833125

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / WRfactor Rfree: 0.269 / WRfactor Rwork: 0.2062 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8252 / SU B: 9.058 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.3801 / SU Rfree: 0.2939 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 935 5.1 %RANDOM
Rwork0.1984 ---
obs0.2016 18194 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.89 Å2 / Biso mean: 58.3396 Å2 / Biso min: 18.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20.68 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2747 0 14 71 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2731.9563831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4975349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73324.57151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.55215462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9311523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2471.51739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3122800
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.56331085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5164.51029
LS精密化 シェル解像度: 2.703→2.773 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 57 -
Rwork0.25 1189 -
all-1246 -
obs--94.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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