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万見
- PDB-3psg: THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE PEPSINOGEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3psg
タイトルTHE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE PEPSINOGEN
要素PEPSINOGEN
キーワードHYDROLASE(ACID PROTEINASE ZYMOGEN)
機能・相同性
機能・相同性情報


Surfactant metabolism / pepsin A / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hartsuck, J.A. / Koelsch, G. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: The high-resolution crystal structure of porcine pepsinogen.
著者: Hartsuck, J.A. / Koelsch, G. / Remington, S.J.
履歴
登録1991年9月3日処理サイト: BNL
置き換え1993年1月15日ID: 1PSG
改定 1.01993年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650HELIX A NUMBER OF BETA TURNS ARE ALSO LISTED AS 3/10 HELICES, WHERE APPROPRIATE.
Remark 700SHEET ONE OF THE SHEETS IN THIS ENTRY (SHEET S2), CONTAINING SIX STRANDS, IS A BETA BARREL ...SHEET ONE OF THE SHEETS IN THIS ENTRY (SHEET S2), CONTAINING SIX STRANDS, IS A BETA BARREL CONTAINING AN EXTENSION COMPRISED OF RESIDUES 65 - 90 WHICH FORMS A SECOND HYDROPHOBIC CORE WITH THE SURFACE OF THE BARREL. THIS IS REPRESENTED IN THIS ENTRY BY A SEVEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. ADDITIONALLY, THE THIRD STRAND IS COMPOSED OF THREE NONCONTIGUOUS FRAGMENTS (RESIDUES 16 - 20, 65 - 67, AND 69 - 75). THIS IS REPRESENTED BY DESCRIBING THE SHEET THREE TIMES (SHEETS *S2A*, *S2B*, AND *S2C* BELOW) WITH DIFFERENT THIRD STRANDS. REGISTRATION INFORMATION IS NOT INCLUDED WHEN TWO ADJACENT STRANDS DO NOT INTERACT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPSINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5521
ポリマ－39,5521
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.100, 43.700, 88.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 23 IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質 PEPSINOGEN


分子量: 39551.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00791
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PROPEPTIDE RESIDUES HAVE BEEN ASSIGNED INSERTION CODE P AND NUMBERED FROM 1 TO 44. THE REMAINDER OF ...PROPEPTIDE RESIDUES HAVE BEEN ASSIGNED INSERTION CODE P AND NUMBERED FROM 1 TO 44. THE REMAINDER OF THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 1 TO 326.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.1 / 手法: batch method / 詳細: crystalyzed by either batch or vapor diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.95 %protein11
252 %satlithium sulfate11
30.025 Msodium cacodylate11

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / Num. obs: 31236 / Num. measured all: 68120 / Rmerge F obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 1.75 Å / % possible obs: 18.4 %

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.17 / 最高解像度: 1.65 Å
詳細: RESIDUE SER 68 IS PHOSPHORYLATED BUT THE SIDE CHAIN DENSITY IS SO WEAK THAT ONLY CB HAS BEEN INCLUDED.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2692 0 0 180 2872
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'TNT, EREF' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 28806 / σ(F): 1.3 / Rfactor obs: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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