PDB-3ps0: The structure of the CRISPR-associated protein, csa2, from Sulfol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ps0

タイトル

The structure of the CRISPR-associated protein, csa2, from Sulfolobus solfataricus

要素

CRISPR-Associated protein, CSA2

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / CRISPR-Associated / Viral resistance / crispr / cas / cass / RNA-Binding / RNA-Recognition motif / Nucleic-acid binding / Protein-protein interactions / RNA-binding protein

機能・相同性

CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-a/Apern / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR / CRISPR-associated negative auto-regulator DevR/Csa2 / defense response to virus / RNA binding / CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lintner, N.G. / Sdano, M. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional characterization of an archaeal clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated complex for antiviral defense (CASCADE).
著者: Lintner, N.G. / Kerou, M. / Brumfield, S.K. / Graham, S. / Liu, H. / Naismith, J.H. / Sdano, M. / Peng, N. / She, Q. / Copie, V. / Young, M.J. / White, M.F. / Lawrence, C.M.

履歴

登録	2010年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	3mw1-d 3hl7-d 5r9i-d 3u8w-d 3p7c-d 5omh-d 4kiq-4 4u2j-2 1kv2-d 3roc-d 3mvl-1 5r8w-d 4eh7-d 3qbt-2 5o8u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CRISPR-Associated protein, CSA2

B: CRISPR-Associated protein, CSA2

C: CRISPR-Associated protein, CSA2

D: CRISPR-Associated protein, CSA2

145 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CRISPR-Associated protein, CSA2

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
36.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CRISPR-Associated protein, CSA2

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3

C: CRISPR-Associated protein, CSA2

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4

D: CRISPR-Associated protein, CSA2

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根拠: equilibrium centrifugation
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.642, 120.876, 158.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is experimentally determined using analytical ultracentrifugation as monomer.

#1: タンパク質	CRISPR-Associated protein, CSA2 分子量: 36268.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: SSO1442 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q97Y91
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.0 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.0, 0.2 M SODIUM THIOCYANATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95369, 1.04013, 1.03982, 0.96109

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月24日
詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, TOROID FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.95369	1
2	1.04013	1
3	1.03982	1
4	0.96109	1

反射

解像度: 2→90 Å / Num. obs: 96002 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 34.6

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→33.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.659 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	4790	5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.185	91161	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.841 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8776	0	0	545	9321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	8942
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.93	1.986	12052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3	15073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.312	5	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.222	24.022	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.719	15	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.601	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	6271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.196	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.693	4.5	7282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.925	4.5	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.905	6	9029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.168	15	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.665	22.5	3020
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	354	-
R_work	0.2	6697	-
obs	-	-	99.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6708	-0.7762	0.3905	1.9231	-0.6512	2.8254	-0.3187	0.1272	-0.0091	-0.2941	-0.0347	-0.019	0.0657	0.065	0.3534	0.1723	-0.0109	-0.0392	0.1125	0.0069	0.0994	106.9874	72.8047	79.973
2	4.5	0.1992	2.065	0.249	-0.3707	2.6219	0.0377	-0.1591	-0.2641	-0.1411	0.0022	0.0929	0.0488	-0.2419	-0.04	0.1727	-0.0003	-0.0769	0.1651	0.0022	0.1648	101.0999	68.5072	82.8653
3	2.3923	-0.0612	0.3811	2.5898	-0.9667	3.1903	-0.038	0.1053	-0.2043	-0.2278	-0.0254	0.1508	0.5158	0.1347	0.0633	0.1602	-0.0093	0.0413	0.1824	0.0176	0.1375	121.5886	57.0803	100.1406
4	1.0154	-0.3632	1.2221	0.1386	-0.5212	2.2807	-0.0788	-0.1407	0.002	-0.0801	0.0011	0.0384	-0.0278	-0.2455	0.0777	0.1637	-0.0167	-0.0458	0.2012	-0.0023	0.1777	106.5194	68.7344	88.7091
5	2.3114	-0.5917	1.2892	1.8755	0.2229	1.7709	-0.1458	-0.2124	0.1337	0.0486	-0.0831	0.0396	-0.1975	-0.0669	0.2289	0.0682	-0.0129	-0.0252	0.2089	0.004	0.1283	120.747	70.8361	106.7042
6	1.4283	1.2856	0.8628	1.2939	-0.0735	5.807	-0.4345	-0.1614	0.1114	-0.0556	0.1576	0.0336	-0.2399	-0.0145	0.2769	0.2059	0.0844	-0.1131	0.1077	0.0216	0.1166	106.664	80.8965	87.0943
7	2.3216	0.5768	-0.7995	2.3135	-0.5206	5.514	-0.0923	-0.3259	0.6148	0.0994	0.0851	0.1206	-1.1133	-0.2529	0.0073	0.3364	0.0514	-0.1851	0.0814	-0.0508	0.1894	107.9884	89.0373	92.6871
8	2.7485	-0.6396	1.782	3.0975	-0.5579	1.5936	-0.0328	-0.2051	-0.2344	0.4709	-0.0034	-0.0191	0.0373	-0.2054	0.0361	0.1953	0.016	-0.0227	0.0964	-0.0009	0.2023	80.0935	76.0583	129.29
9	3.4945	-0.7062	1.1972	0.3524	-0.2392	1.3861	0.1062	-0.0759	-0.1009	0.1986	-0.0836	-0.1442	-0.0361	0.0749	-0.0226	0.1611	-0.0329	-0.1042	0.085	0.0367	0.2166	87.0779	69.4925	130.7824
10	1.4134	0.3521	0.2825	2.8868	0.1933	1.7865	-0.0848	0.0742	-0.192	-0.0384	0.054	-0.0307	0.206	-0.1263	0.0307	0.108	-0.0092	-0.0088	0.1426	0.0044	0.1638	66.7631	62.3086	112.285
11	1.3555	-0.2477	1.2916	0.2621	-0.6388	2.787	0.0457	-0.1554	-0.1425	0.2047	-0.0014	-0.1329	-0.1308	0.0692	-0.0443	0.2114	-0.0223	-0.1113	0.124	0.0292	0.215	87.9107	75.4291	133.8549
12	1.9841	0.3688	0.1993	2.3915	0.1574	1.4178	-0.0589	0.2885	0.058	-0.2397	0.0798	0.0582	0.0168	-0.1555	-0.0209	0.1259	0.0034	-0.0176	0.1757	0.0318	0.139	66.3894	74.148	106.3336
13	1.8672	-0.5815	0.7667	2.0701	-0.7489	3.1983	0.0561	0.0759	0.0384	0.2556	-0.0886	-0.2519	-0.1696	0.1495	0.0325	0.1539	-0.0075	-0.0605	0.0374	-0.0038	0.1671	83.275	86.5318	122.801
14	3.6549	-0.0455	2.7224	2.8293	0.2779	5.8952	-0.2012	-0.0413	0.2677	0.3354	0.0852	-0.2182	-0.4939	0.0147	0.1159	0.241	0.0356	-0.0082	0.0428	-0.0014	0.1733	76.1005	92.0475	125.1206
15	1.3936	0.3087	-0.6477	1.7929	0.3684	3.214	-0.0861	-0.1549	0.0681	0.465	-0.1253	-0.1429	0.024	-0.2545	0.2114	0.1067	0.002	-0.0049	0.272	-0.0398	0.1335	90.0779	62.6638	86.1102
16	2.3926	-1.5523	-0.0147	1.7966	0.6271	1.6735	-0.1137	-0.2777	0.0029	0.1705	0.2376	-0.1532	0.4667	0.2104	-0.1239	0.3671	0.0371	-0.0383	0.2028	0.0251	0.1728	107.8596	47.3911	90.0573
17	5.8996	-0.6115	-2.5348	2.4177	1.3258	5.2758	0.0275	0.5924	0.1015	-0.0067	0.2218	-0.3115	0.4022	0.4393	-0.2493	0.3316	0.0949	-0.026	0.2863	-0.046	0.1832	112.9551	43.646	78.2598
18	2.6144	-1.0291	0.3383	2.0772	0.9764	2.8498	-0.1108	0.1347	-0.111	0.2364	-0.1718	0.1081	0.4117	-0.3248	0.2827	0.2206	-0.0966	0.0553	0.198	-0.0203	0.1542	91.7824	52.7408	83.6058
19	3.1423	-0.6533	0.4144	0.8249	0.5993	2.0939	-0.1199	-0.1386	-0.5107	0.314	0.0357	0.099	0.7324	-0.1292	0.0842	0.3743	-0.1082	0.1314	0.0641	0.0101	0.1679	95.4021	41.3973	83.2412
20	2.1691	0.1332	1.1128	2.3284	1.3414	6.2904	-0.1807	-0.1449	0.0103	0.0725	-0.2691	0.1524	0.2629	-0.9726	0.4499	0.0697	-0.209	0.1445	0.312	-0.1642	0.127	78.3472	49.1238	77.6523
21	2.0406	-0.0031	-3.1187	2.7135	1.6516	5.7659	0.0893	-0.7543	-0.9789	-0.1466	-0.4305	1.1601	0.4446	-1.0835	0.3412	0.4553	-0.221	0.0748	0.4324	-0.1072	0.3747	77.8709	44.2252	88.8808
22	0.9833	0.1934	-0.1425	1.2467	0.3277	1.1429	-0.1284	0.1064	0.2183	-0.2627	-0.0735	0.004	-0.2753	0.2059	0.202	0.1009	-0.0671	-0.0454	0.1678	0.0925	0.18	98.9264	64.2142	127.9375
23	0.6985	0.4143	0.2803	1.4668	-0.3527	0.953	-0.0599	0.0417	0.0562	0.0232	0.0317	0.0882	-0.0385	-0.122	0.0283	0.1345	-0.0149	-0.0117	0.1209	0.0115	0.1678	76.9479	50.4718	123.9314
24	1.2237	0.7101	-0.2685	1.4636	-0.6799	1.3507	0.0191	-0.1101	0.082	0.1533	-0.1044	0.0105	-0.1336	-0.0242	0.0853	0.1552	0.0004	-0.0019	0.1288	-0.0079	0.1756	82.1495	51.7051	131.5152
25	1.0038	0.7629	0.4663	1.8808	0.0538	1.3048	-0.0243	-0.0375	-0.0757	0.0887	-0.0437	-0.0524	0.1435	-0.0348	0.068	0.1385	-0.0058	0.0194	0.117	0.0117	0.1514	82.9258	39.5205	132.5298
26	2.0546	0.9893	-0.935	2.9891	-1.3977	4.4821	-0.1856	0.2086	0.1386	-0.3066	0.1369	0.0137	0.0753	0.0848	0.0486	0.0487	-0.0005	0.0371	0.1655	0.0523	0.1744	99.3302	48.6124	126.2284
27	1.4987	0.0722	0.2189	1.8751	-1.0419	3.6283	-0.1754	-0.1597	0.1326	0.1768	-0.0647	-0.2267	-0.07	0.7355	0.2401	0.0206	0.0238	0.0285	0.2225	0.0826	0.1411	105.9953	47.3085	136.058
28	4.9345	0.7731	-0.3457	4.986	-1.5232	5.4463	-0.198	0.1657	-0.421	-0.1388	-0.11	-0.4419	0.3599	0.8853	0.308	0.0245	0.0961	0.1283	0.2021	0.0605	0.0944	105.5029	41.5261	124.3161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	65 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	106 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	193 - 226
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	227 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	273 - 320
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	1 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	29 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	64 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	136 - 193
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	194 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	226 - 296
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	297 - 321
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	1 - 44
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	45 - 98
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	99 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	133 - 198
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	199 - 260
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	261 - 295
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	296 - 319
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	1 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	43 - 99
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	100 - 185
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	186 - 228
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	229 - 259
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	260 - 295
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	296 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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