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Yorodumi- PDB-3ps0: The structure of the CRISPR-associated protein, csa2, from Sulfol... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ps0 | ||||||
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Title | The structure of the CRISPR-associated protein, csa2, from Sulfolobus solfataricus | ||||||
Components | CRISPR-Associated protein, CSA2 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / CRISPR-Associated / Viral resistance / crispr / cas / cass / RNA-Binding / RNA-Recognition motif / Nucleic-acid binding / Protein-protein interactions / RNA-binding protein | ||||||
Function / homology | CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-a/Apern / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR / CRISPR-associated negative auto-regulator DevR/Csa2 / defense response to virus / RNA binding / CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Lintner, N.G. / Sdano, M. / Young, M.J. / Lawrence, C.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Structural and functional characterization of an archaeal clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR)-associated complex for antiviral defense (CASCADE). Authors: Lintner, N.G. / Kerou, M. / Brumfield, S.K. / Graham, S. / Liu, H. / Naismith, J.H. / Sdano, M. / Peng, N. / She, Q. / Copie, V. / Young, M.J. / White, M.F. / Lawrence, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ps0.cif.gz | 453 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ps0.ent.gz | 378.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ps0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ps0_validation.pdf.gz | 453.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ps0_full_validation.pdf.gz | 462.8 KB | Display | |
Data in XML | 3ps0_validation.xml.gz | 44.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3ps0_validation.cif.gz | 63.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3ps0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3ps0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is experimentally determined using analytical ultracentrifugation as monomer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 36268.574 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (archaea) / Strain: P2 / Gene: SSO1442 / Plasmid: PDEST14 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)PLYSS / References: UniProt: Q97Y91 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 2.0 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.0, 0.2 M SODIUM THIOCYANATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.95369, 1.04013, 1.03982, 0.96109 | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 24, 2009 Details: FLAT COLLIMATING MIRROR, DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, TOROID FOCUSING MIRROR | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2→90 Å / Num. obs: 96002 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 34.6 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2→33.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.659 / SU ML: 0.096 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.144 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.841 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→33.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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