PDB-3prw: Crystal structure of the lipoprotein BamB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3prw

タイトル

Crystal structure of the lipoprotein BamB

要素

Lipoprotein yfgL

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) /

beta propeller (Βプロペラドメイン)

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane /

生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Heuck, A. / Clausen, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Augmenting beta-augmentation: structural basis of how BamB binds BamA and may support folding of outer membrane proteins.
著者: Heuck, A. / Schleiffer, A. / Clausen, T.

履歴

登録	2010年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3prw.cif.gz	91.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3prw.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3prw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3prw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3prw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3q54-d 2vuu-2 2vus-5 4zg8-2 3iw1-d 3q7n-d 6pqs-d 3ivy-d 2vus-7 6j88-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein yfgL

40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.221, 120.967, 134.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-654- HOH
2	1	A-770- HOH

#1: タンパク質	Lipoprotein yfgL / Protein assembly complex / lipoprotein component 分子量: 40190.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 21-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfgL, b2512, JW2496 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Lipoprotein yfgL / Protein assembly complex / lipoprotein component

分子量: 40190.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 21-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfgL, b2512, JW2496 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Tris, pH 6.9, 20% PEG 3350, 200 mM ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月13日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 7 / 数: 150488 / R_sym value: 0.058 / D res high: 1.8 Å / D res low: 89.493 Å / Num. obs: 37222 / % possible obs: 98.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.69	21.95	95.7	1	0.039	0.039	3.9
4.03	5.69	99.1	1	0.046	0.046	4.1
3.29	4.03	97.1	1	0.045	0.045	4
2.85	3.29	98.1	1	0.047	0.047	4
2.55	2.85	99.3	1	0.054	0.054	4.3
2.32	2.55	97.7	1	0.066	0.066	4.1
2.15	2.32	98.3	1	0.082	0.082	3.9
2.01	2.15	99.2	1	0.116	0.116	4.1
1.9	2.01	99.7	1	0.158	0.158	4.2
1.8	1.9	97.6	1	0.238	0.238	3.8

反射

解像度: 1.8→17.3 Å / Num. obs: 37883 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.34 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 27.4

反射シェル

解像度: 1.8→17.3 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / R_sym value: 0.072 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1.8	21.95	0	0	33967	2979
ANO_1	1.8	21.95	0.838	0	33734	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	7.58-21.95	0	378	155
ISO_1	5.53-7.58	0	654	145
ISO_1	4.56-5.53	0	879	152
ISO_1	3.97-4.56	0	1054	154
ISO_1	3.56-3.97	0	1191	151
ISO_1	3.26-3.56	0	1281	132
ISO_1	3.02-3.26	0	1434	152
ISO_1	2.83-3.02	0	1549	151
ISO_1	2.67-2.83	0	1654	145
ISO_1	2.54-2.67	0	1771	150
ISO_1	2.42-2.54	0	1869	150
ISO_1	2.32-2.42	0	1896	135
ISO_1	2.23-2.32	0	2009	154
ISO_1	2.15-2.23	0	2119	141
ISO_1	2.08-2.15	0	2180	150
ISO_1	2.01-2.08	0	2282	151
ISO_1	1.95-2.01	0	2352	172
ISO_1	1.9-1.95	0	2445	161
ISO_1	1.85-1.9	0	2471	140
ISO_1	1.8-1.85	0	2499	138
ANO_1	7.58-21.95	2.961	378	0
ANO_1	5.53-7.58	2.053	650	0
ANO_1	4.56-5.53	1.63	875	0
ANO_1	3.97-4.56	1.519	1052	0
ANO_1	3.56-3.97	1.49	1187	0
ANO_1	3.26-3.56	1.183	1267	0
ANO_1	3.02-3.26	1.204	1421	0
ANO_1	2.83-3.02	1.205	1544	0
ANO_1	2.67-2.83	1.153	1649	0
ANO_1	2.54-2.67	0.925	1765	0
ANO_1	2.42-2.54	0.79	1868	0
ANO_1	2.32-2.42	0.606	1874	0
ANO_1	2.23-2.32	0.518	1986	0
ANO_1	2.15-2.23	0.438	2111	0
ANO_1	2.08-2.15	0.358	2168	0
ANO_1	2.01-2.08	0.281	2260	0
ANO_1	1.95-2.01	0.258	2341	0
ANO_1	1.9-1.95	0.229	2431	0
ANO_1	1.85-1.9	0.187	2451	0
ANO_1	1.8-1.85	0.162	2456	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	46.229	95.203	79.837	SE	41.19	1.54
2	45.554	64.255	86.901	SE	44.51	1.47
3	26.294	62.864	92.685	SE	28.64	1.41
4	48.182	88.873	67.105	SE	34.43	1.41
5	33.025	102.886	120.513	SE	38.26	1.18
6	15.135	17.47	122.405	SE	43.5	0.39
7	1.012	120.683	108.679	SE	36.37	0.17

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
RemDAq		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→9.995 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8706 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2044	1870	4.94 %	RANDOM
R_work	0.1833	-	-	-
obs	0.1844	37881	99.51 %	-
all	-	38123	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.037 Å² / k_sol: 0.453 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.54 Å² / B_iso mean: 23.2845 Å² / B_iso min: 5.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1529 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.0563 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.9034 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2669	0	0	431	3100

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	3707
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.235	941

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8639	0.2437	200	0.1895	3557	3757	100
1.8639-1.938	0.2243	151	0.1947	3564	3715	99
1.938-2.0256	0.2348	189	0.1958	3553	3742	100
2.0256-2.1314	0.2293	184	0.1947	3586	3770	100
2.1314-2.2635	0.2133	203	0.1911	3573	3776	100
2.2635-2.4359	0.2225	201	0.1916	3575	3776	100
2.4359-2.6767	0.222	177	0.1912	3642	3819	100
2.6767-3.0544	0.209	189	0.1883	3544	3733	98
3.0544-3.8123	0.1724	186	0.1663	3667	3853	100
3.8123-9.9949	0.1751	190	0.1683	3750	3940	99

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