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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3prw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the lipoprotein BamB | ||||||
要素 | Lipoprotein yfgL | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / beta propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Heuck, A. / Clausen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Augmenting beta-augmentation: structural basis of how BamB binds BamA and may support folding of outer membrane proteins. 著者: Heuck, A. / Schleiffer, A. / Clausen, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3prw.cif.gz | 91.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3prw.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3prw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3prw_validation.pdf.gz | 436.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3prw_full_validation.pdf.gz | 447.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3prw_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3prw_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3prw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3prw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40190.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 21-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfgL, b2512, JW2496 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Tris, pH 6.9, 20% PEG 3350, 200 mM ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.96 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 7 / 数: 150488 / Rsym value: 0.058 / D res high: 1.8 Å / D res low: 89.493 Å / Num. obs: 37222 / % possible obs: 98.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.8→17.3 Å / Num. obs: 37883 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.34 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 27.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→17.3 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / Rsym value: 0.072 / % possible all: 99.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→9.995 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8706 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.037 Å2 / ksol: 0.453 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.54 Å2 / Biso mean: 23.2845 Å2 / Biso min: 5.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→9.995 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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