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- PDB-3prp: Structural analysis of a viral OTU domain protease from the Crime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3prp
タイトルStructural analysis of a viral OTU domain protease from the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever virus in complex with human ubiquitin
要素
  • Polyubiquitin-B (Fragment)
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE / ubiquitin hydrolase / deubiquitinase / hydrolase / cysteine protease / viral protein / HYDROLASE-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / ribosome / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase ...RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin B / RNA-directed RNA polymerase L / RNA-directed RNA polymerase L / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Capodagli, G.C. / McKercher, M.A. / Baker, E.A. / Masters, E.M. / Brunzelle, J.S. / Pegan, S.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural analysis of a viral ovarian tumor domain protease from the crimean-congo hemorrhagic Fever virus in complex with covalently bonded ubiquitin.
著者: Capodagli, G.C. / McKercher, M.A. / Baker, E.A. / Masters, E.M. / Brunzelle, J.S. / Pegan, S.D.
履歴
登録2010年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02023年2月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月20日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: Polyubiquitin-B (Fragment)
C: RNA-directed RNA polymerase L
D: Polyubiquitin-B (Fragment)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0534
ポリマ－58,0534
非ポリマー00
水8,863492
1
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: Polyubiquitin-B (Fragment)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0272
ポリマ－29,0272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
2
C: RNA-directed RNA polymerase L
D: Polyubiquitin-B (Fragment)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0272
ポリマ－29,0272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.316, 105.845, 113.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 20386.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
株: IbAr10200 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6TQR6, UniProt: Q6TFZ7*PLUS, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, ...参照: UniProt: Q6TQR6, UniProt: Q6TFZ7*PLUS, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Polyubiquitin-B (Fragment)


分子量: 8639.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus / 参照: UniProt: J3QS39, UniProt: Q9PT09*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22-28% PEG 8000, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 100-250 mM Mg acetate, and 2% n-Octyl- -D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→77.26 Å / Num. obs: 50853 / % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.699→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 74.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 28.84 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.21 Å
Translation2.5 Å42.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PRM

3prm


解像度: 1.699→77.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.2312 / WRfactor Rwork: 0.1871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8747 / SU B: 4.676 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1163 / SU Rfree: 0.1134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2581 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 50853 96.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.21 Å2 / Biso mean: 25.511 Å2 / Biso min: 5.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å2-0 Å20 Å2
2---0.43 Å2-0 Å2
3---1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→77.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3788 0 8 492 4288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.9595598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8815520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73124.455202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55315735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1761528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6251.52509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13624093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98531605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1384.51505
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 132 -
Rwork0.253 2628 -
all-2760 -
obs--72.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1613-1.4911-0.39388.4340.74283.6121-0.0928-0.1045-0.05060.58270.1798-0.3850.26740.1946-0.0870.1108-0.0062-0.02690.0992-0.01180.023928.61250.364850.7788
20.5067-1.7946-1.58036.48275.60844.96210.0966-0.03610.1345-0.42720.2652-0.5172-0.25970.1462-0.36170.159-0.07470.08490.1668-0.03990.199633.1102-4.349240.7173
32.9381-1.6353-0.12292.49670.14680.67450.00190.1543-0.1902-0.12290.00220.32670.0632-0.1754-0.00410.0564-0.0235-0.00140.0895-0.00140.055410.6842-2.964436.5882
48.3004-1.5879-0.88546.0963-0.09272.63420.1051-0.36320.82510.0530.00840.1485-0.41820.0933-0.11350.1430.0074-0.01170.1096-0.0480.183213.854216.925143.8044
52.5725-1.20390.3142.155-0.49792.4478-0.02290.07640.1865-0.07970.02630.1861-0.1497-0.2842-0.00330.0579-0.001-0.00840.0640.00210.065612.58457.67838.8067
619.8019-12.9772-8.87415.30949.056721.98370.71871.6772-0.0161-1.5774-0.4634-1.0679-0.08310.8461-0.25530.25580.0030.15480.3186-0.04960.245231.8084-1.444835.4573
71.5995-0.39491.10372.47111.08191.53440.0135-0.0119-0.07760.07080.0562-0.00530.05310.0223-0.06970.0291-0.01210.00780.0355-0.00330.007421.2697-3.073141.4838
820.4993-0.176111.284120.3676-5.105710.07440.2758-1.1483-0.14281.0075-0.1672-0.24150.1922-0.2783-0.10860.13730.00140.020.1042-0.00310.098125.1135-18.077245.6056
95.027-0.4571-1.04574.8505-0.11642.15880.07310.04760.4409-0.042-0.0439-0.0031-0.0771-0.0652-0.02920.0708-0.0147-0.01320.08210.00950.13837.987420.102340.6763
106.05470.06774.69673.77241.27665.31280.04890.46050.109-0.29640.0460.0176-0.00960.3868-0.0950.1198-0.0021-0.00380.19640.05770.083833.489217.368232.4175
115.66211.5131-0.32193.8685-0.36531.43760.1566-0.46491.04610.3739-0.06670.2089-0.3338-0.0618-0.08990.1465-0.00460.03890.1221-0.03670.259631.52622.166946.4163
1210.28167.20784.3856.9394.59673.0996-0.0001-0.0063-0.0859-0.03620.0428-0.0735-0.02960.0294-0.04270.0748-0.0007-0.01130.10230.01470.042425.05610.489238.1443
139.2498-4.46376.78832.4481-2.37947.7843-0.30060.98410.2806-0.3615-0.2425-0.1042-2.07990.78940.54311.1644-0.2118-0.04460.8337-0.12850.185740.842911.14955.2722
144.23571.4190.79621.81580.34691.19950.05070.2453-0.2112-0.1078-0.021-0.08980.00750.0395-0.02970.12770.0378-0.00990.10510.01540.083433.83699.462710.7574
152.84440.26560.21472.8208-0.1520.86730.0363-0.05820.09560.0709-0.03440.2668-0.0453-0.0427-0.00190.08040.02420.01210.04530.0250.060118.908522.467216.6079
164.2812-2.8069-1.04697.66092.41813.3253-0.00390.0147-0.48480.0655-0.01550.68830.3462-0.10250.01940.1133-0.01160.01250.15950.04660.26766.779510.804917.1233
173.5579-0.418-0.72432.0749-0.12541.88830.09370.06670.1230.00610.0080.2255-0.1052-0.0329-0.10170.07390.0062-0.01890.0480.01190.073919.239516.52714.405
1811.2331-0.32022.00766.43910.11347.5250.2101-1.1591-0.67160.7624-0.0086-0.44670.44380.3083-0.20150.20220.0069-0.03110.19620.03490.126133.42017.830817.2404
194.21320.24650.45743.37711.15653.14810.03380.2309-0.0461-0.14850.0068-0.15820.01810.1416-0.04050.06380.0261-0.01810.050.01050.058930.550816.785114.5451
2011.3804-1.4524-14.368726.97210.836845.87990.67871.18311.1956-1.197-0.0245-0.1888-0.56860.174-0.65420.15210.02130.02110.3080.1680.342543.805323.172910.7084
215.9717-0.596-1.81132.95190.10075.241-0.26740.1628-0.42880.09520.04890.06170.3526-0.33210.21850.1371-0.02170.02530.096-0.03950.10423.2824-11.246916.1698
223.8412-0.30711.16663.80930.223610.0522-0.04910.28450.0353-0.1285-0.03440.23620.0123-0.27630.08350.1073-0.01590.0240.1072-0.01980.087719.6356-2.73414.2116
238.6295-3.4272-1.035311.62260.07680.97950.08370.6467-0.3581-0.4805-0.28230.92510.2419-0.55970.19860.2685-0.1754-0.01380.4803-0.1150.278813.0358-11.71719.0311
242.0847-0.7142-1.286914.42369.59067.7899-0.14530.3119-0.19960.30880.2534-0.22070.34420.0172-0.10810.1249-0.0061-0.00380.1285-0.00580.073623.1311-2.615513.15
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3A27 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4A71 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5A86 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6A121 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7A132 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8A158 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9B1 - 26
10X-RAY DIFFRACTION10B27 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11B40 - 67
12X-RAY DIFFRACTION12B68 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13C2 - 8
14X-RAY DIFFRACTION14C9 - 30
15X-RAY DIFFRACTION15C31 - 78
16X-RAY DIFFRACTION16C79 - 92
17X-RAY DIFFRACTION17C93 - 119
18X-RAY DIFFRACTION18C120 - 133
19X-RAY DIFFRACTION19C134 - 157
20X-RAY DIFFRACTION20C158 - 162
21X-RAY DIFFRACTION21D1 - 33
22X-RAY DIFFRACTION22D34 - 51
23X-RAY DIFFRACTION23D52 - 62
24X-RAY DIFFRACTION24D63 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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