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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3prn | ||||||
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タイトル | E1M, A104W MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN | ||||||
![]() | PORIN | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / PORIN / PORE EYELET MUTANT | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Maveyraud, L. / Schmid, B. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Porin mutants with new channel properties. 著者: Schmid, B. / Maveyraud, L. / Kromer, M. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Expression of Porin from Rhodopseudomonas Blastica in Escherichia Coli Inclusion Bodies and Folding Into Exact Native Structure 著者: Schmid, B. / Kromer, M. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: Refined Structure of the Porin from Rhodopseudomonas Blastica. Comparison with the Porin from Rhodobacter Capsulatus 著者: Kreusch, A. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 872.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 900 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30726.068 Da / 分子数: 1 / 変異: E1M, A104W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / プラスミド: PET-3B / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kreusch, A., (1994) J.Mol.Biol., 243, 891. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→12.8 Å / Num. obs: 34853 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 51 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51 % / Num. unique obs: 2094 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1PRN 解像度: 1.9→12.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rfree: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |