PDB-3pra: Structural analysis of protein folding by the Methanococcus janna...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pra

タイトル

Structural analysis of protein folding by the Methanococcus jannaschii chaperone FKBP26

要素

FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

Chaperone / Isomerase / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Protein Folding by the Long-Chain Archaeal Chaperone FKBP26.
著者: Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2010年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pra.cif.gz	130.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pra.ent.gz	103.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pra_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pra_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	3pra_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	3pra_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3pra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/3pra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pr9C 3prbC 3prdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j7k-2 3l51-d 2ibk-d 3rb3-d 3a2e-d 4by5-1 5834 4qzd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

B: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.984, 67.886, 54.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

monomer

#1: タンパク質	FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase / long-type FKBP 分子量: 17511.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncation of C-terminal domain at residue 150 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0825 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58235, peptidylprolyl isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase / long-type FKBP

分子量: 17511.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: truncation of C-terminal domain at residue 150
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0825 / プラスミド: pET24 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58235, peptidylprolyl isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: 6% PMME2K, 0.2 M (NH4)2SO4, pH 100 mM HEPES, pH 7.25, hanging drop, temperature 298K PH範囲: 100 mM HEPES, pH 7.25

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A

検出器

検出器: CCD / 日付: 2000年10月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 13060 / % possible obs: 99.4 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Χ²: 1.242 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	0.239	628	0.913	100
2.44-2.49	0.214	671	0.919	100
2.49-2.53	0.193	636	0.9	100
2.53-2.59	0.159	661	0.94	100
2.59-2.64	0.15	649	0.906	99.8
2.64-2.7	0.134	660	0.993	100
2.7-2.77	0.113	638	0.956	100
2.77-2.85	0.098	667	1.051	100
2.85-2.93	0.09	661	1.081	100
2.93-3.02	0.077	640	1.18	99.8
3.02-3.13	0.069	645	1.246	100
3.13-3.26	0.063	680	1.39	99.7
3.26-3.4	0.056	658	1.455	100
3.4-3.58	0.052	657	1.432	99.8
3.58-3.81	0.052	644	1.697	99.2
3.81-4.1	0.048	654	1.717	100
4.1-4.51	0.045	657	1.524	99.1
4.51-5.16	0.045	653	1.587	98.5
5.16-6.49	0.045	663	1.498	99.5
6.49-30	0.044	638	1.647	92.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→19.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.248 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2911	636	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2343	-	-	-
obs	0.2371	13040	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.34 Å² / B_iso mean: 53.662 Å² / B_iso min: 20.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.15 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2326	0	0	154	2480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	2.014	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.22	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.478	25.435	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.72	15	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.225	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.672	1.5	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.139	2	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.615	3	925
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.611	4.5	772

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	38	-
R_work	0.274	884	-
all	-	922	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7767	-1.1566	0.3949	0.7287	1.0642	6.1704	-0.3083	-0.4592	-0.0504	0.1357	0.4895	0.0495	0.5551	-0.1553	-0.1812	0.0659	0.107	-0.1018	0.0076	0.0284	-0.1589	-23.0245	11.0456	0.7994
2	2.8549	1.0784	0.5689	3.8721	0.6248	1.4562	-0.1429	0.2008	-0.2814	-0.1491	0.0095	0.0347	-0.1102	0.0564	0.1334	-0.0645	0.0056	0.0102	-0.0263	-0.0211	0.013	-29.6041	6.6119	-28.5448
3	0.4395	-0.1076	0.226	0.6028	0.9527	1.8788	0.13	-0.0156	0.1184	-0.0199	-0.0647	-0.2364	-0.0678	-0.1835	-0.0653	-0.0796	0.0089	0.033	0.0002	0.0216	0.0394	-6.8999	1.7903	-23.0286
4	4.0779	5.7952	-3.9172	8.4219	-5.4542	5.3159	0.396	-0.2456	0.3384	0.3055	-0.1716	0.2239	-0.125	0.5715	-0.2244	-0.0876	0.0243	-0.0357	-0.0539	-0.1427	-0.0617	-4.746	-3.5693	6.3796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	130 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	130 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	81 - 129

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