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- PDB-3pr8: Structure of Glutathione S-transferase(PP0183) from Pseudomonas p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pr8
タイトルStructure of Glutathione S-transferase(PP0183) from Pseudomonas putida in complex with GSH
要素Glutathione S-transferase family protein
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...: / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Glutathione S-transferase(PP0183) from Pseudomonas putida in complex with GSH
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Non-polymer description
改定 1.32016年9月21日Group: Structure summary
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase family protein
B: Glutathione S-transferase family protein
C: Glutathione S-transferase family protein
D: Glutathione S-transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4229
ポリマ－103,9554
非ポリマー1,4685
水11,512639
1
B: Glutathione S-transferase family protein
ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8305
ポリマ－51,9772
非ポリマー8533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area5060 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase family protein
D: Glutathione S-transferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5924
ポリマ－51,9772
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.032, 66.012, 88.853
Angle α, β, γ (deg.)89.920, 85.550, 86.500
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase family protein


分子量: 25988.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: PP0183, PP_0183 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88RE7
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 1% PEG 3350, 1.0M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 97182 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.781 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.832.20.37648451.116195.8
1.83-1.862.20.3247591.148195.8
1.86-1.92.20.29148561.232196.3
1.9-1.942.20.23748501.236196
1.94-1.982.20.21148051.355196.4
1.98-2.032.20.19148451.394196.8
2.03-2.082.20.15648951.508196.4
2.08-2.132.20.14148001.605196.6
2.13-2.22.20.13148721.813196.9
2.2-2.272.20.11448761.779196.7
2.27-2.352.20.10748201.888197
2.35-2.442.20.10348821.941197.5
2.44-2.552.20.09449242.029197.5
2.55-2.692.20.09348672.197197.4
2.69-2.862.10.08649022.316197.7
2.86-3.082.20.07548832.111197.8
3.08-3.392.10.06849392.183197.9
3.39-3.882.10.05949112.094197.9
3.88-4.882.10.05649092.066198.1
4.88-402.20.06447422.633194.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LXZ

3lxz


解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2083 / WRfactor Rwork: 0.1758 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8821 / SU B: 2.189 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1121 / SU Rfree: 0.1083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY UNKNOWN DENSITY OBSERVED NEAR GSH. NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 4846 5 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
obs0.1727 97181 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.59 Å2 / Biso mean: 22.1962 Å2 / Biso min: 6.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å2-0.01 Å20.09 Å2
2--0.77 Å2-0.19 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6776 0 95 639 7510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4052.0089774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0455918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87824.521303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.323151285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.131535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.54459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51927168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.59432760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2814.52595
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 343 -
Rwork0.256 6473 -
all-6816 -
obs--90.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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