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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pr1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo Thermotoga maritima ribosome biogenesis GTP-binding protein EngB | ||||||
![]() | Probable GTP-binding protein engB | ||||||
![]() | HYDROLASE / Rossmann fold / GTP Binding / cell cycle | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chan, K.H. / Wong, K.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an essential GTPase, YsxC, from Thermotoga maritima 著者: Chan, K.H. / Wong, K.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22487.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: engB, TM_1466 / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月1日 / 詳細: VariMax HR optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→48.97 Å / Num. obs: 8326 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 19.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3PQC 解像度: 2.3→28.403 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.85 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.495 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.403 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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