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- PDB-3pqz: Grb7 SH2 with peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqz
タイトルGrb7 SH2 with peptide
要素
  • Growth factor receptor-bound protein 7
  • cyclic peptide
キーワードPROTEIN BINDING / SH2 / binds phosphotyrosine / tyrosine kinases / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.413 Å
データ登録者Wilce, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of binding by cyclic nonphosphorylated Peptide antagonists of grb7 implicated in breast cancer progression
著者: Ambaye, N.D. / Pero, S.C. / Gunzburg, M.J. / Yap, M. / Clayton, D.J. / Del Borgo, M.P. / Perlmutter, P. / Aguilar, M.I. / Shukla, G.S. / Peletskaya, E. / Cookson, M.M. / Krag, D.N. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
履歴
登録2010年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
L: cyclic peptide
M: cyclic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6716
ポリマ－56,6716
非ポリマー00
水1,856103
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
L: cyclic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3353
ポリマ－28,3353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Growth factor receptor-bound protein 7
C: Growth factor receptor-bound protein 7
M: cyclic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3353
ポリマ－28,3353
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.660, 79.110, 54.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13L
23M

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNGLNGLNchain A and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...AA429 - 44214 - 27
121LEULEUGLNGLNchain A and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...AA444 - 46129 - 46
131GLYGLYGLUGLUchain A and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...AA466 - 48751 - 72
141PHEPHETHRTHRchain A and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...AA493 - 50078 - 85
151PHEPHEASNASNchain A and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...AA502 - 51587 - 100
161GLYGLYTHRTHRchain A and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...AA517 - 528102 - 113
211GLNGLNGLNGLNchain B and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...BB429 - 44214 - 27
221LEULEUGLNGLNchain B and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...BB444 - 46129 - 46
231GLYGLYGLUGLUchain B and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...BB466 - 48751 - 72
241PHEPHETHRTHRchain B and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...BB493 - 50078 - 85
251PHEPHEASNASNchain B and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...BB502 - 51587 - 100
261GLYGLYTHRTHRchain B and (resseq 429:442 or resseq 444:461 or resseq...BB517 - 528102 - 113
112LEULEUGLNGLNchain C and (resseq 430:461 or resseq 466:487 or resseq 500:527 )CC430 - 46115 - 46
122GLYGLYGLUGLUchain C and (resseq 430:461 or resseq 466:487 or resseq 500:527 )CC466 - 48751 - 72
132THRTHRCYSCYSchain C and (resseq 430:461 or resseq 466:487 or resseq 500:527 )CC500 - 52785 - 112
212LEULEUGLNGLNchain D and (resseq 430:461 or resseq 466:487 or resseq 500:527 )DD430 - 46115 - 46
222GLYGLYGLUGLUchain D and (resseq 430:461 or resseq 466:487 or resseq 500:527 )DD466 - 48751 - 72
232THRTHRCYSCYSchain D and (resseq 430:461 or resseq 466:487 or resseq 500:527 )DD500 - 52785 - 112
113TRPTRPPROPROchain L and (resseq 1:10 )LE1 - 101 - 10
213TRPTRPPROPROchain M and (resseq 1:10 )MF1 - 101 - 10

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13449.466 Da / 分子数: 4 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド cyclic peptide


分子量: 1436.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence designed by Phase Display. Peptide was made synthetically
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 17.5% PEG3350, 0.1M Glycine, 10% Glycerol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→34 Å / Num. all: 17111 / Num. obs: 15617 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.41-2.62192
2.62-2.88193
2.88-3.25194
3.25-3.82193.1
3.82-5.4193
5.4-34191

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.413→32.882 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7404 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2774 780 5 %random
Rwork0.2376 14815 --
obs0.2396 15595 92.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.965 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.25 Å2 / Biso mean: 33.2281 Å2 / Biso min: 5.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0896 Å20 Å2-2.1187 Å2
2---0.7323 Å2-0 Å2
3---0.8219 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.413→32.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3434 0 0 103 3537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2054708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.761276
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A705X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.119
12B705X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.119
21C634X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
22D634X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.029
31L91X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
32M91X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4135-2.56460.32821230.30432367249089
2.5646-2.76260.37481460.30562463260993
2.7626-3.04040.33721240.26922502262694
3.0404-3.47990.26231220.21862484260694
3.4799-4.38270.23531340.20342533266795
4.3827-32.88550.2481310.22132466259791
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09860.07430.00440.1127-0.07120.1031-0.0012-0.00720.0023-0.0252-0.04250.01380.0510.0372-0.02430.12540.11640.06380.11750.00820.097713.3572-10.919317.6851
20.25450.00030.17520.19730.01020.1652-0.0482-0.06630.03480.0224-0.0189-0.00730.02780.0722-0.00410.08860.04130.02270.18040.0460.1194-6.2484-11.1744-6.0155
30.0647-0.0315-0.01860.03910.03880.0796-0.011-0.0459-0.01710.03340.02350.0224-0.0021-0.03640.04620.070.1258-0.00070.06710.0573-0.006822.1921-1.1643-9.178
40.13760.0930.03030.19240.01470.16110.00260.0260.0569-0.0879-0.0132-0.0626-0.07990.0974-0.02130.21450.03750.06120.29970.07680.1739-14.7345-0.893821.3334
50.0874-0.00370.00560.08790.01680.1225-0.0007-0.0090.00270.0006-0.01510.01340.0009-0.0176-0.00020.13710.04940.01210.1701-0.06230.0986-0.6648-11.4414.2238
60.1714-0.05550.10030.1379-0.09190.16420.00940.008-0.0078-0.00470.00030.00120.0050.01560.00310.18010.0797-0.040.21810.0170.11798.0971-11.4017-2.5158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 424:528)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 423:529)B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 430:527)C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resseq 429:527)D0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L'L0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'M'M0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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