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- PDB-3pqh: Crystal structure of the C-terminal fragment of the bacteriophage... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqh
タイトルCrystal structure of the C-terminal fragment of the bacteriophage phi92 membrane-piercing protein gp138
要素gene product 138
キーワードVIRAL PROTEIN / Beta-Helix / OB-Fold / Phage Baseplate / Iron-Binding / Cell membrane piercing
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #60 / Glycosyl hydrolase fold - #20 / : / Gp138, beta helical trimerization domain / Glycosyl hydrolase fold / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Phage protein Gp138 N-terminal domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteriophage phi92 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.295 Å
データ登録者Browning, C. / Shneider, M. / Leiman, P.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Phage pierces the host cell membrane with the iron-loaded spike.
著者: Browning, C. / Shneider, M.M. / Bowman, V.D. / Schwarzer, D. / Leiman, P.G.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gene product 138
B: gene product 138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,44111
ポリマ－26,1692
非ポリマー2739
水7,548419
1
A: gene product 138
ヘテロ分子

A: gene product 138
ヘテロ分子

A: gene product 138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,76621
ポリマ－39,2533
非ポリマー51218
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area15750 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
2
B: gene product 138
ヘテロ分子

B: gene product 138
ヘテロ分子

B: gene product 138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,55912
ポリマ－39,2533
非ポリマー3059
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
3
A: gene product 138
B: gene product 138
ヘテロ分子

A: gene product 138
B: gene product 138
ヘテロ分子

A: gene product 138
B: gene product 138
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,32433
ポリマ－78,5066
非ポリマー81827
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area33110 Å2
ΔGint-394 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.080, 48.080, 553.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2-

FE

21B-1-

FE

31A-298-

HOH

41A-444-

HOH

51A-633-

HOH

61B-275-

HOH

71B-426-

HOH

81B-629-

HOH

91B-632-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 gene product 138


分子量: 13084.402 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage phi92 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 834 (DE3) / 参照: UniProt: I7HXF9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3547.69
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.57mg/ml 34% - 38% PEE 100mM - 400mM KCl 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
2912蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.57mg/ml 20% -26% PEG 2000 100mM - 400mM CaCl2 100mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→41.52 Å / Num. all: 61805 / Num. obs: 61401 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.29→1.37 Å / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.811 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
SHELXC/D/Eモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXC/D/E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.295→41.521 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1598 3103 5.08 %
Rwork0.1229 --
obs0.1247 61037 96.95 %
all-61805 -
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 95.544 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2527 Å20 Å20 Å2
2---0.2527 Å20 Å2
3---0.5053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.295→41.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1548 0 9 419 1976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7512380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.957665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.141283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.295-1.34130.26242770.20115322X-RAY DIFFRACTION91
1.3413-1.3950.22632920.15935502X-RAY DIFFRACTION94
1.395-1.45850.19663140.13125667X-RAY DIFFRACTION96
1.4585-1.53540.14782690.10395708X-RAY DIFFRACTION97
1.5354-1.63160.14993130.09215779X-RAY DIFFRACTION98
1.6316-1.75750.14043240.08995787X-RAY DIFFRACTION98
1.7575-1.93440.14473230.09475895X-RAY DIFFRACTION99
1.9344-2.21430.1293440.10255912X-RAY DIFFRACTION99
2.2143-2.78970.16123130.11816076X-RAY DIFFRACTION100
2.7897-41.54240.16493340.14376286X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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