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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pps | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of an ascomycete fungal laccase from Thielavia arenaria | |||||||||
![]() | Laccase![]() | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kallio, J.P. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an ascomycete fungal laccase from Thielavia arenaria--common structural features of asco-laccases. 著者: Kallio, J.P. / Gasparetti, C. / Andberg, M. / Boer, H. / Koivula, A. / Kruus, K. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 462 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 382.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 66597.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 5種, 21分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() #4: 多糖 | ![]() #5: 多糖 | ![]() #8: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 579分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-CU / ![]() #7: 化合物 | ChemComp-OXY / | ![]() #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 % |
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結晶化![]() | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 7.5% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate in pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日 |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→42.8 Å / Num. obs: 87791 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 10.169 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.65 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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