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- PDB-3fu7: Melanocarpus albomyces laccase crystal soaked (4 sec) with 2,6-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fu7
タイトルMelanocarpus albomyces laccase crystal soaked (4 sec) with 2,6-dimethoxyphenol
要素(Laccase-1) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Laccase / multicopper oxidase / complex structure / 2 / 6-dimethoxyphenol / oxidation of phenolic compounds / Glycoprotein / Lignin degradation / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


extraorganismal space / lignin catabolic process / hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / cellulose catabolic process / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-dimethoxyphenol / COPPER (II) ION / 4-(2,6-dimethoxyphenoxy)-2,6-dimethoxyphenol / 2,6-dimethoxycyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / OXYGEN MOLECULE / Laccase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Melanocarpus albomyces (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Kallio, J.P. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure Function Studies of a Melanocarpus albomyces Laccase Suggest a Pathway for Oxidation of Phenolic Compounds.
著者: Kallio, J.P. / Auer, S. / Janis, J. / Andberg, M. / Kruus, K. / Rouvinen, J. / Koivula, A. / Hakulinen, N.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase-1
B: Laccase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,16234
ポリマ－123,7042
非ポリマー7,45932
水17,168953
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area38910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.120, 62.100, 124.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Laccase-1 / Benzenediol:oxygen oxidoreductase 1 / Urishiol oxidase 1 / Diphenol oxidase 1 / Ligninolytic phenoloxidase


分子量: 61858.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Melanocarpus albomyces (菌類) / 株: VTT D-96490 / 遺伝子: LAC1 / 発現宿主: Trichoderma reesei (菌類) / 株 (発現宿主): RUTC-30 / 参照: UniProt: Q70KY3, laccase
#2: タンパク質 Laccase-1 / Benzenediol:oxygen oxidoreductase 1 / Urishiol oxidase 1 / Diphenol oxidase 1 / Ligninolytic phenoloxidase


分子量: 61845.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Melanocarpus albomyces (菌類) / 株: VTT D-96490 / 遺伝子: LAC1 / 発現宿主: Trichoderma reesei (菌類) / 株 (発現宿主): RUTC-30 / 参照: UniProt: Q70KY3, laccase

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糖 , 4種, 14分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 8種, 971分子

#6: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#10: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物 ChemComp-3DM / 2,6-dimethoxyphenol / 2,6-ジメトキシフェノ-ル


分子量: 154.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10O3
#12: 化合物 ChemComp-D2M / 4-(2,6-dimethoxyphenoxy)-2,6-dimethoxyphenol


分子量: 306.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18O6
#13: 化合物 ChemComp-KIA / 2,6-dimethoxycyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / 2,6-dimethoxy-p-benzoquinone / 2,6-ジメトキシ-1,4-ベンゾキノン


分子量: 168.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O4
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 953 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 15 % PMME 2000, 0,2 M ammonium sulphate, 0,1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.365 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si[111], horizontally focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→20 Å / Num. all: 149347 / Num. obs: 149347 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6162 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 77.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2q9o

2q9o


解像度: 1.67→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.883 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22033 7468 5 %RANDOM
Rwork0.18881 ---
all0.19038 149347 --
obs0.19038 141878 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20.22 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8739 0 462 953 10154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0219731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.98213428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22951166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1124.236458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.349151291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.451556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.24536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.26675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2882
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.55823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16329390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88434400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.854.54038
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.715 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 487 -
Rwork0.207 9249 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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