PDB-3ppn: Structures of the substrate-binding protein provide insights into...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ppn

タイトル

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of Bacillus subtilis ABC transporter OpuC

要素

Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta-alpha sandwich / osmoprotectant / compatible solute

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
著者: Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

履歴

登録	2010年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ppn.cif.gz	225.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ppn.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ppn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ppn_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ppn_full_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示
XML形式データ	3ppn_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	3ppn_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ppoC 3pppC 3ppqC 3pprC 1sw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nd9-d 4ne4-d 5adw-2 3g6t-d 4wep-1 3o66-2 3tmg-3 3o66-1 3chg-3 5mbt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.275, 89.667, 90.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein / OpuCC / Osmoprotectant-binding protein 分子量: 35016.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: opuCC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32243
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 32%(v/v) Jeffamine M-600, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9194 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 32670 / Num. obs: 32670 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SW2

1sw2

解像度: 2.3→29.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.421 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2391	1659	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2168	31009	-	-
obs	0.2179	31009	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.14 Å² / B_iso mean: 37.501 Å² / B_iso min: 3.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4308	0	0	91	4399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4396
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.96	5928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.163	5	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.174	25.631	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.017	15	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.442	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.749	1.5	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.437	2	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.308	3	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.844	4.5	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	122	-
R_work	0.25	2258	-
obs	-	-	99.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9318	1.3702	2.4632	6.0941	0.1919	4.3268	-0.1795	-0.2366	-0.2759	0.3409	0.1046	0.5515	-0.2544	0.1551	0.0749	0.0856	0.0356	0.0429	0.1416	-0.0213	0.103	7.2146	-36.7113	8.0086
2	8.7877	-3.4242	0.6977	3.8947	-0.9772	3.3562	-0.2391	-0.0883	-0.1471	0.464	0.2758	0.1243	-0.4536	-0.2714	-0.0367	0.181	0.0905	0.0047	0.0403	-0.0527	-0.0038	5.7752	-30.0882	10.634
3	1.703	-1.3031	3.6554	2.8916	-0.2169	7.0139	-0.2537	0.0915	0.1239	0.2877	0.0529	-0.0021	-0.8037	-0.015	0.2008	0.1524	-0.0336	-0.0111	0.0364	-0.0354	0.1216	3.7189	-24.3912	-5.4868
4	0.9236	0.9774	-2.1452	6.363	-0.7001	3.6222	-0.2635	0.1218	-0.0131	-0.4738	0.2047	-0.2101	0.3806	-0.3716	0.0588	0.104	-0.0249	-0.0165	0.1034	-0.0067	0.1103	-7.4277	-48.2042	-17.7713
5	1.4097	0.2299	-0.5228	3.3544	-0.5617	1.058	-0.1077	0.0482	0.0285	0.1096	0.1715	0.1602	0.0567	-0.1792	-0.0638	0.0416	0.02	-0.0016	0.1083	-0.0059	0.0778	-11.7755	-42.5954	-12.9166
6	1.5575	0.0437	0.6838	4.0139	-0.6967	2.781	0.1508	0.2718	-0.0534	0.0343	-0.0075	0.0373	0.0172	0.4328	-0.1433	0.0267	0.0332	-0.0413	0.1539	-0.0531	0.0264	11.68	-38.8084	1.9257
7	3.5991	-3.2911	0.0181	10.1841	-2.7785	1.0154	0.1464	0.2505	-0.0083	-0.5614	-0.0839	-0.2625	0.1422	0.0688	-0.0625	0.1227	0.0036	-0.0161	0.1162	-0.0431	0.0759	-5.3687	-31.4564	-49.5164
8	3.2549	1.8875	1.017	2.3423	1.422	1.5143	0.0168	0.1514	-0.0122	-0.2084	-0.0429	0.0448	-0.1016	0.1055	0.0261	0.1316	0.0319	-0.0614	0.0638	0.0213	0.0758	-7.4377	-26.6154	-50.5208
9	0.98	-0.3841	0.6528	1.4741	-0.0485	1.9893	-0.0149	-0.0782	0.0818	-0.0328	-0.0476	0.0259	-0.12	0.0318	0.0625	0.0893	0.0062	-0.0414	0.0713	-0.0064	0.1348	-4.5988	-23.1569	-34.1456
10	2.043	-0.3404	-0.2313	1.6054	0.2921	1.969	0.0104	-0.0279	0.0911	-0.1332	-0.0704	-0.0687	0.0522	0.2015	0.06	0.0414	0.0298	0.0267	0.0899	0.011	0.1082	13.702	-43.2292	-27.5174
11	1.1374	-0.7178	0.2944	0.3764	-0.104	0.0518	-0.0269	-0.0004	0.0262	-0.047	-0.0757	0.0768	0.0261	0.0129	0.1026	0.1092	0.0016	-0.0083	0.0951	-0.004	0.1508	2.0159	-38.9318	-31.2983
12	1.3022	-0.3964	0.4425	1.1544	0.4993	1.3377	0.0428	0.0072	-0.0548	-0.0787	0	0.0639	0.0654	-0.094	-0.0428	0.092	0.005	-0.0626	0.0749	-0.0179	0.1087	-11.9578	-36.8636	-44.7776

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	134 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	153 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	241 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	32 - 49
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	50 - 84
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	85 - 136
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	137 - 214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	215 - 247
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	248 - 301

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)