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- PDB-3pp8: 2.1 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pp8
タイトル2.1 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW) from Salmonella typhimurium
要素Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase / NAD binding domain / oxidation reduction (酸化還元反応) / NAD / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒドロキシピルビン酸レダクターゼ / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A, Enterobacterales / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Wang, Y. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.1 Angstrom Crystal Structure of Putative Oxidoreductase (ycdW) from Salmonella typhimurium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Wang, Y. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7211
ポリマ－35,7211
非ポリマー00
水1,47782
1
A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A

A: Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4412
ポリマ－71,4412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area3780 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.495, 139.371, 111.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A / 2-ketoacid reductase


分子量: 35720.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: ghrA, STM1135, ycdW / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q8ZQ30, glyoxylate reductase (NADP+), ヒドロキシピルビン酸レダクターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES (pH 7.5). Screen solution: 0.2M Sodium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 0.01M Glycolic acid, 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 18836 / Num. obs: 18836 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 39.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 924 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KBO

3kbo


解像度: 2.1→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 14.235 / SU ML: 0.164
Isotropic thermal model: Atomic Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23508 967 5.1 %RANDOM
Rwork0.19659 ---
all0.19865 17835 --
obs0.19865 17835 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å2-0 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2449 0 0 82 2531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.9533451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81634181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5085312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.623.59117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42215412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2051520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3141.51560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.411.5623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14422509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5653972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9724.5942
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 70 -
Rwork0.272 1291 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.43593.85891.77867.36291.92724.9667-0.0367-0.2814-0.7142-0.3870.2385-1.3512-0.71530.3893-0.20180.1954-0.03780.05350.2548-0.06930.3356-6.965136.216971.8632
20.98920.90730.40469.59285.34444.6662-0.01060.0953-0.1008-0.7811-0.210.2619-0.5267-0.34690.22050.08250.035-0.00820.1441-0.02010.0889-5.11668.622349.2961
31.7477-0.9234-0.01598.92583.2513.33350.01580.1722-0.1598-0.2496-0.1197-0.03390.0182-0.13280.10390.019-0.02780.01660.1177-0.04380.0735-2.805555.377644.4945
46.27472.9158-1.60677.50790.24536.67060.37960.32760.3878-0.6438-0.08590.4163-0.7837-0.5926-0.29360.39560.05390.00760.2464-0.00390.1446-18.376641.809569.3173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2A91 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3A157 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4A280 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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