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- PDB-3pp5: High-resolution structure of the trimeric Scar/WAVE complex precu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pp5
タイトルHigh-resolution structure of the trimeric Scar/WAVE complex precursor Brk1
要素Brk1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / triple coiled-coil / precursor of the Scar-WAVE complex / Abi / Scar
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudopodium assembly / SCAR complex / regulation of actin polymerization or depolymerization / cell pole / filopodium tip / cell leading edge / pseudopodium / cell motility / actin filament organization / cell-cell junction ...pseudopodium assembly / SCAR complex / regulation of actin polymerization or depolymerization / cell pole / filopodium tip / cell leading edge / pseudopodium / cell motility / actin filament organization / cell-cell junction / cytoskeleton / protein-containing complex binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein BRICK1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Linkner, J. / Witte, G. / Curth, U. / Faix, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: High-resolution X-ray structure of the trimeric Scar/WAVE-complex precursor Brk1.
著者: Linkner, J. / Witte, G. / Stradal, T. / Curth, U. / Faix, J.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9365
ポリマ－8,6201
非ポリマー3174
水1,928107
1
A: Brk1
ヘテロ分子

A: Brk1
ヘテロ分子

A: Brk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,80915
ポリマ－25,8593
非ポリマー95012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.140, 39.140, 118.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Brk1 / Protein BRICK1


分子量: 8619.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: brk1, DDB_G0279175, hspc300 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) rosetta / 参照: UniProt: Q54X65
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 40% (v/v) MPD, 0.2 M CaCl2, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA11.0722
シンクロトロンESRF ID23-220.8726
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年8月15日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2009年7月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Bartels Monochromator (Si 111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Silicon 111 crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07221
20.87261
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 16414 / Num. obs: 16181 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 12.09 % / Mean I/σ(I) obs: 8.95 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELX(anomalous dataset)モデル構築
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX(anomalous dataset)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.5→19.389 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 2.04 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1817 806 4.99 %random
Rwork0.1589 ---
obs0.1601 16144 98.65 %-
all-16414 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.614 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4388 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.4388 Å2-0 Å2
3----4.8777 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数536 0 18 107 661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.245843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.787248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5001-1.5940.16731310.15672504X-RAY DIFFRACTION98
1.594-1.7170.17461350.1512559X-RAY DIFFRACTION99
1.717-1.88970.18381350.16182575X-RAY DIFFRACTION99
1.8897-2.16280.19411350.14242568X-RAY DIFFRACTION99
2.1628-2.72370.16941360.14612582X-RAY DIFFRACTION99
2.7237-19.39060.18051340.16632550X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.0149 Å / Origin y: -6.0166 Å / Origin z: 17.0839 Å
111213212223313233
T0.08 Å2-0.0017 Å2-0.0031 Å2-0.0661 Å2-0.0035 Å2--0.0801 Å2
L-0.0514 °2-0.0002 °2-0.2194 °2-0.2143 °20.4286 °2--0.3073 °2
S0.001 Å °0.0128 Å °0.0184 Å °0.014 Å °0.041 Å °-0.0281 Å °-0.0625 Å °-0.0246 Å °0.0073 Å °
精密化 TLSグループSelection details: All

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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