PDB-3po0: Crystal structure of SAMP1 from Haloferax volcanii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3po0

タイトル

Crystal structure of SAMP1 from Haloferax volcanii

要素

Small archaeal modifier protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / ubiquitin-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdopterin adenylyltransferase complex / protein modification by small protein conjugation / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein tag activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haloferax volcanii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Jeong, Y.J. / Jeong, B.-C. / Song, H.K.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of ubiquitin-like small archaeal modifier protein 1 (SAMP1) from Haloferax volcanii.
著者: Jeong, Y.J. / Jeong, B.-C. / Song, H.K.

履歴

登録	2010年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3po0.cif.gz	49 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3po0.ent.gz	35 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3po0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/3po0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/3po0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3m03-3 1o5u-1 2v87-1 2k0x-d 1p6r-d 2kg8-d 4b6w-d 3g3p-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Small archaeal modifier protein 1

ヘテロ分子

9.42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.881, 42.251, 43.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Small archaeal modifier protein 1 / SAMP 1 / Ubiquitin-like small archaeal modifier protein 1 分子量: 9087.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax volcanii (古細菌) / 株: DS2 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: D4GUF6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.12	42
2

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PAL/PLS	6C1	1	1.23985
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NE3A	2	0.97951, 0.97973, 0.98361

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.23985	1
2	0.97951	1
3	0.97973	1
4	0.98361	1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 11712 / Num. obs: 11712 / 冗長度: 12.8 % / R_sym value: 0.064

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.55→30.193 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2434	1124	9.81 %	RANDOM
R_work	0.1995	-	-	-
all	0.2037	11712	-	-
obs	0.2037	11459	97.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 69.704 Å² / k_sol: 0.448 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0304 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.6894 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.7198 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	639	0	8	89	736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.964	886
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.716	222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	100
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	122

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5502-1.6207	0.2962	118	0.2771	1200	93
1.6207-1.7062	0.2372	143	0.224	1230	96
1.7062-1.813	0.2124	156	0.1935	1242	97
1.813-1.953	0.2353	137	0.1721	1277	98
1.953-2.1495	0.2016	148	0.182	1304	100
2.1495-2.4604	0.2206	141	0.1752	1325	100
2.4604-3.0994	0.2511	137	0.1873	1339	100
3.0994-30.1988	0.2672	144	0.2166	1418	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6294	-2.4873	-4.36	1.2318	2.1647	7.6772	-0.0918	0.0971	0.0565	0.087	0.0838	-0.1584	0.577	-0.1536	0.0247	0.137	0.0092	-0.0341	0.135	-0.0321	0.1838	-5.9493	-3.9704	1.163
2	0.1451	0.4674	-0.8961	3.4116	-2.7592	5.5528	-0.0212	0.2416	0.3327	-0.1653	0.576	1.6231	0.0015	-2.5183	-0.4731	0.136	-0.1263	-0.0372	0.577	0.1415	0.2792	-17.9683	-2.9763	0.9229
3	8.5795	-1.5133	-1.0433	0.6873	-0.7269	2.0966	0.3233	0.066	-1.1262	-0.3211	-0.0651	0.485	0.6182	0.0757	-0.1422	0.2326	0.0111	-0.0473	0.1553	-0.0661	0.232	-8.5286	-8.7084	0.6849
4	1.0208	-1.7685	-2.5792	6.199	2.6964	8.2095	0.0184	0.3772	0.2236	-1.0691	0.8969	-1.0764	0.6397	0.5197	-0.5178	0.3239	0.0673	0.0665	0.3563	-0.1407	0.3461	3.1429	-3.9697	-9.7021
5	4.3711	1.4605	0.4697	2.9935	-0.0966	2.2255	-0.1455	0.3194	-0.055	-0.2644	0.2251	0.0521	0.1124	0.3474	-0.0848	0.1565	-0.0162	-0.0012	0.1989	-0.0145	0.1523	-5.3223	-0.4802	-8.6108
6	1.941	-1.2441	0.5429	4.5626	-6.3595	9.9711	0.193	0.4602	0.1877	-0.6078	0.0692	-0.0762	0.446	-1.1181	-0.2543	0.1801	-0.0266	0.0115	0.3252	0.0097	0.1891	-15.7388	-1.7086	-7.965
7	4.0047	3.8177	-2.6557	5.2266	-5.3905	7.817	0.3128	-0.363	0.4403	0.6875	-0.3163	0.3218	-0.9822	0.9639	-0.1562	0.1968	0.0538	0.0411	0.2121	0.0085	0.1615	-14.157	8.0374	-9.8237
8	4.8036	3.5508	1.9538	3.5551	0.106	3.5997	-0.0889	0.6047	0.1417	-0.137	0.027	0.3598	-0.0249	-0.0296	0.0618	0.1074	0.0533	0.0189	0.209	-0.0365	0.1538	-12.8911	10.5402	-3.0892
9	2.6349	-1.3248	2.0457	6.0756	-2.2071	2.0819	-0.0412	0.0143	-0.1716	0.6021	-0.0605	-0.0635	-0.1854	0.1388	0.0224	0.1405	0.0094	0.0187	0.1352	-0.0035	0.1556	-1.2045	4.6939	3.437
10	1.9696	-1.0547	2.094	4.0236	-3.0015	3.3664	0.0954	0.2162	-0.2578	0.2536	-0.2277	0.0711	-0.1493	0.5017	0.1951	0.1472	-0.0126	-0.0056	0.1702	0.0197	0.1861	2.4101	4.6279	-3.2519
11	2.7664	-2.3908	0.4166	2.0652	-0.3305	1.2231	-0.1644	-0.1038	-0.4135	0.2132	0.1789	0.1007	0.2558	0.1598	-0.101	0.1372	0.033	0.0173	0.1494	0.0042	0.2087	-1.9829	-1.4307	1.7982
12	4.7851	-1.4661	-4.0156	9.3533	5.9455	9.0538	0.7791	0.606	0.6227	0.7626	1.1434	0.3491	-1.2031	-1.4478	-0.2837	0.3746	0.2845	0.2448	0.4165	0.3871	0.3282	-16.9982	7.489	6.6487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 0:7)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 8:14)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 15:19)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 20:26)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 27:38)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 39:44)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 45:52)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 53:57)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 58:64)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 65:74)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 75:80)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 81:87)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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