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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pn8 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase from Streptococcus mutans UA159 | ||||||
要素 | Putative phospho-beta-glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / (beta/alpha)8 barrel / Beta-Glucosidase / cytoplasmic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / carbohydrate catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.693 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase from Streptococcus mutants UA159 著者: Tan, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pn8.cif.gz | 412.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pn8.ent.gz | 350.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pn8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pn8_validation.pdf.gz | 478.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pn8_full_validation.pdf.gz | 491.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pn8_validation.xml.gz | 41.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pn8_validation.cif.gz | 60 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pn8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. It is predicted that the molecule is monomeric. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56178.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: bgl, SMU_1601, Streptococcus mutans / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DT00, 6-phospho-beta-glucosidase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Tris:HCl, 40% (w/v) PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→36 Å / Num. all: 112307 / Num. obs: 112307 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 20.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 26.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 5460 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.693→35.859 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.02 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.63 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso min: 21.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.693→35.859 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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