PDB-3pmt: Crystal structure of the Tudor domain of human Tudor domain-conta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pmt

タイトル

Crystal structure of the Tudor domain of human Tudor domain-containing protein 3

要素

Tudor domain-containing protein 3

キーワード

TRANSCRIPTION / Tudor domain / Structural Genomics Consortium / SGC / sulfur phasing / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topological change / methylated histone binding / chromatin organization / transcription coactivator activity / chromatin binding / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lam, R. / Bian, C.B. / Guo, Y.H. / Xu, C. / Kania, J. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of TDRD3 and Methyl-Arginine Binding Characterization of TDRD3, SMN and SPF30.
著者: Liu, K. / Guo, Y. / Liu, H. / Bian, C. / Lam, R. / Liu, Y. / Mackenzie, F. / Rojas, L.A. / Reinberg, D. / Bedford, M.T. / Xu, R.M. / Min, J.

履歴

登録	2010年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.3	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年5月31日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pmt.cif.gz	38 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pmt.ent.gz	24.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pmt_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pmt_full_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示
XML形式データ	3pmt_validation.xml.gz	4.7 KB	表示
CIF形式データ	3pmt_validation.cif.gz	5.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s6wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tyl-2 2p4t-d 6e6s-2 1tym-2 1mpj-1 4jjc-d 6e6s-1 6e6q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tudor domain-containing protein 3

ヘテロ分子

7.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.682, 41.682, 59.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Tudor domain-containing protein 3 分子量: 6883.764 Da / 分子数: 1 / 断片: Tudor domain, UNP residues 553-611 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD3 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H7E2
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 2.0M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月12日 / 詳細: VariMax HF

放射

モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 5478 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 19.5 % / R_merge(I) obs: 0.031 / Χ²: 1.108 / Net I/σ(I): 35.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.84	8.5	0.099	314	0.913	1	85.8
1.84-1.89	11.6	0.098	358	0.833	1	97.5
1.89-1.94	15.7	0.089	353	1.036	1	97.5
1.94-2	18.2	0.078	377	1.108	1	100
2-2.06	20.1	0.072	362	1.116	1	100
2.06-2.13	20.8	0.064	368	1.18	1	100
2.13-2.22	21.4	0.055	369	1.139	1	100
2.22-2.32	21.6	0.054	370	1.125	1	100
2.32-2.44	21.8	0.046	370	1.109	1	100
2.44-2.6	21.9	0.042	369	1.156	1	100
2.6-2.8	21.9	0.036	366	1.139	1	100
2.8-3.08	22	0.03	366	1.099	1	100
3.08-3.52	22.1	0.025	373	1.121	1	100
3.52-4.44	22	0.022	377	1.049	1	100
4.44-50	21	0.021	386	1.209	1	99

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.8 Å / D res low: 19.69 Å / FOM acentric: 0.247 / FOM centric: 0.073 / Reflection acentric: 5214 / Reflection centric: 232

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	1.8	19.69	0	0	5214	232
ANO_1	1.8	19.69	0.749	0	5179	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	6.79-19.69	0	88	16
ISO_1	4.95-6.79	0	153	15
ISO_1	4.08-4.95	0	191	14
ISO_1	3.56-4.08	0	235	16
ISO_1	3.19-3.56	0	257	14
ISO_1	2.92-3.19	0	294	16
ISO_1	2.71-2.92	0	312	15
ISO_1	2.54-2.71	0	343	16
ISO_1	2.39-2.54	0	352	13
ISO_1	2.27-2.39	0	381	17
ISO_1	2.17-2.27	0	405	15
ISO_1	2.08-2.17	0	413	14
ISO_1	2-2.08	0	441	15
ISO_1	1.92-2	0	450	16
ISO_1	1.86-1.92	0	466	10
ISO_1	1.8-1.86	0	433	10
ANO_1	6.79-19.69	1.621	88	0
ANO_1	4.95-6.79	1.576	153	0
ANO_1	4.08-4.95	1.037	191	0
ANO_1	3.56-4.08	1.005	235	0
ANO_1	3.19-3.56	0.978	257	0
ANO_1	2.92-3.19	0.995	294	0
ANO_1	2.71-2.92	0.921	312	0
ANO_1	2.54-2.71	0.972	343	0
ANO_1	2.39-2.54	0.863	352	0
ANO_1	2.27-2.39	0.784	381	0
ANO_1	2.17-2.27	0.648	405	0
ANO_1	2.08-2.17	0.55	413	0
ANO_1	2-2.08	0.494	441	0
ANO_1	1.92-2	0.365	448	0
ANO_1	1.86-1.92	0.289	460	0
ANO_1	1.8-1.86	0.193	406	0

Phasing MAD set site

Cartn x: 13.529 Å / Cartn y: 14.745 Å / Cartn z: 10.011 Å / Atom type symbol: S / B iso: 24.53 / Occupancy: 1.63

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
6.79-19.69	0.517	0.132	88	16
4.95-6.79	0.453	0.071	153	15
4.08-4.95	0.392	0.078	191	14
3.56-4.08	0.354	0.056	235	16
3.19-3.56	0.377	0.078	257	14
2.92-3.19	0.368	0.087	294	16
2.71-2.92	0.341	0.095	312	15
2.54-2.71	0.3	0.087	343	16
2.39-2.54	0.265	0.074	352	13
2.27-2.39	0.245	0.054	381	17
2.17-2.27	0.201	0.089	405	15
2.08-2.17	0.192	0.04	413	14
2-2.08	0.174	0.046	441	15
1.92-2	0.152	0.06	450	16
1.86-1.92	0.121	0.048	466	10
1.8-1.86	0.117	0.046	433	10

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 5446

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
4.02-100	69.4	0.899	506
3.18-4.02	71.8	0.94	503
2.78-3.18	70.5	0.92	503
2.52-2.78	68.3	0.911	504
2.34-2.52	66.7	0.922	505
2.2-2.34	70.2	0.926	508
2.09-2.2	82.1	0.922	501
2-2.09	79.5	0.919	502
1.92-2	79.9	0.916	502
1.8-1.92	83.1	0.843	912

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.6.0081	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.203 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2089	247	4.5 %	RANDOM
R_work	0.1775	-	-	-
obs	0.1789	5444	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.82 Å² / B_iso mean: 26.4207 Å² / B_iso min: 14.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	447	0	10	36	493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.161	1.95	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.258	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.835	24.783	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.472	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	30.373	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	360

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.242	21	0.188	325	394	87.817
1.847-1.897	0.19	16	0.194	369	400	96.25
1.897-1.951	0.214	15	0.173	358	374	99.733
1.951-2.011	0.254	11	0.159	363	374	100
2.011-2.076	0.289	18	0.185	347	365	100
2.076-2.148	0.206	15	0.185	325	340	100
2.148-2.228	0.206	22	0.178	316	338	100
2.228-2.318	0.177	10	0.194	317	327	100
2.318-2.419	0.225	13	0.192	298	311	100
2.419-2.536	0.27	16	0.194	274	290	100
2.536-2.67	0.221	18	0.192	274	292	100
2.67-2.829	0.198	12	0.186	255	267	100
2.829-3.02	0.26	12	0.193	245	257	100
3.02-3.256	0.24	8	0.196	226	234	100
3.256-3.557	0.243	9	0.166	208	217	100
3.557-3.96	0.126	10	0.149	189	199	100
3.96-4.542	0.076	4	0.136	175	179	100
4.542-5.491	0.118	6	0.15	146	152	100
5.491-7.479	0.205	6	0.228	114	120	100
7.479-19.685	0.439	5	0.205	73	79	98.734

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.641 Å / Origin y: 11.004 Å / Origin z: 4.052 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0219 Å²	0.008 Å²	0.0062 Å²	-	0.0259 Å²	-0.0034 Å²	-	-	0.0096 Å²
L	1.0777 °²	-0.1404 °²	1.3221 °²	-	2.5698 °²	-0.2574 °²	-	-	2.4387 °²
S	-0.0508 Å °	0.0001 Å °	-0.0208 Å °	-0.048 Å °	0.0332 Å °	-0.04 Å °	-0.1117 Å °	0.0122 Å °	0.0176 Å °

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