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- PDB-3pmp: Crystal Structure of Cyclophilin A from Moniliophthora perniciosa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pmp
タイトルCrystal Structure of Cyclophilin A from Moniliophthora perniciosa in complex with Cyclosporin A
要素
  • CYCLOSPORIN A
  • Cyclophilin A
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / peptidyl prolyl isomerase / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Moniliophthora perniciosa (菌類)
Tolypocladium inflatum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Monzani, P. / Pereira, H.M. / Gramacho, K.P. / Meirelles, F.V. / Oliva, G. / Cascardo, J.C.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Cyclophilin A from Moniliophthora perniciosa
著者: Monzani, P. / Pereira, H.M. / Gramacho, K.P. / Meirelles, F.V. / Oliva, G. / Cascardo, J.C.C.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Other
改定 1.22015年1月28日Group: Other
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclophilin A
B: Cyclophilin A
C: CYCLOSPORIN A
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1244
ポリマ－38,1244
非ポリマー00
水7,242402
1
A: Cyclophilin A
C: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0622
ポリマ－19,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7780 Å2
手法PISA
2
B: Cyclophilin A
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0622
ポリマ－19,0622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.028, 104.028, 61.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Cyclophilin A


分子量: 17841.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moniliophthora perniciosa (菌類) / 遺伝子: Cpy / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: E3P6K5*PLUS, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド CYCLOSPORIN A


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) Tolypocladium inflatum (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, Cyclosporin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.42
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.42 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→73.559 Å / Num. obs: 57546 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.47→1.55 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
PHENIX1.6_289精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→26.41 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 2759 5.07 %
Rwork0.164 --
obs0.165 54370 94.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.66 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6326 Å20 Å2-0 Å2
2--1.6326 Å2-0 Å2
3----3.2652 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→26.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2674 0 0 402 3076
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0692-0.0384-0.01340.7025-0.19470.61740.00720.0167-0.0058-0.01780.03560.04360.0486-0.0779-0.04010.0865-0.01140.00150.10940.00930.09726.5311-7.37218.767
20.23380.13440.04130.67620.04250.3392-0.0104-0.02070.02390.0010.01450.061-0.041-0.0322-0.00560.03980.00930.00270.04660.00420.045427.15678.7951-12.312
30.29310.0483-0.1050.26280.05670.06040.0275-0.0690.00170.0006-0.00030.0350.02080.0155-0.02890.1457-0.0183-0.00410.1040.00740.087830.73925.3643-34.3542
40.03050.0232-0.02190.019-0.00670.1450.00560.00670.01430.02440.01840.06180.00380.0773-0.02630.14950.00910.00910.10060.00810.098430.5097-4.1591-20.456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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