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万見
- PDB-3pm8: CAD domain of PFF0520w, Calcium dependent protein kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pm8
タイトルCAD domain of PFF0520w, Calcium dependent protein kinase
要素Calcium-dependent protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / malaria / structural genomics / cdpk / Structural Genomics Consortium / SGC / calcium binding domain - CDPK activation domain
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-dependent protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum K1 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / SAD/molecular replacement / 解像度: 2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lew, J. / Chamberlain, K. / MacKenzie, F. / Loppnau, P. / Cossar, D. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lew, J. / Chamberlain, K. / MacKenzie, F. / Loppnau, P. / Cossar, D. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CAD domain of PFF0520w, Calcium dependent protein kinase
著者: Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Lew, J. / Chamberlain, K. / MacKenzie, F. / Loppnau, P. / Cossar, D. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Amani, M.
履歴
登録2010年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protein kinase 2
B: Calcium-dependent protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,61413
ポリマ－45,2342
非ポリマー38011
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.019, 51.378, 51.639
Angle α, β, γ (deg.)68.530, 65.750, 64.490
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is unknown as per authors

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent protein kinase 2 / PfCDPK2


分子量: 22616.900 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 335-513 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum K1 (マラリア病原虫)
遺伝子: CPK2, CDPK2 / プラスミド: pet15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21de3
参照: UniProt: O15865, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes 7.5, 5mM CaCl2, 2.5mM MgCl2, glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 26094 / Num. obs: 24816 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.716 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.033.80.4843.4611631.68488.5
2.03-2.0740.3824.5112201.64393.1
2.07-2.1140.34611961.65792.9
2.11-2.1540.28412321.78493.1
2.15-2.240.23911791.70692.7
2.2-2.2540.2112481.74894.5
2.25-2.3140.17812321.74293.5
2.31-2.3740.15412101.66694.3
2.37-2.4440.12612591.75294.7
2.44-2.5240.11912271.70494.8
2.52-2.6140.10112551.75695.1
2.61-2.7140.0812271.69195.5
2.71-2.8440.06812731.71396.2
2.84-2.9940.05612301.71196.1
2.99-3.1740.04512681.65196.6
3.17-3.4240.03412781.66596.9
3.42-3.7640.02812631.58297.4
3.76-4.3140.02412871.54298
4.31-5.4340.02512731.65898.7
5.43-503.90.02412962.26398.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: SAD/molecular replacement
開始モデル: 3l19

3l19


解像度: 2→26.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9412 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9292 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 1268 5.11 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.2004 26118 --
obs0.2004 24815 95.01 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.67 Å2 / Biso mean: 44.8422 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8386 Å26.4529 Å22.555 Å2
2---0.3239 Å22.728 Å2
3---2.1625 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.243 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2604 0 11 115 2730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 145 5.07 %
Rwork0.2092 2713 -
all0.212 2858 -
obs-1730 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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