[日本語] English
万見
- PDB-3pm5: Crystal Structure of BoxB in mixed valent state with bound benzoyl-CoA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pm5
タイトルCrystal Structure of BoxB in mixed valent state with bound benzoyl-CoA
要素Benzoyl-CoA oxygenase component B
キーワードOXIDOREDUCTASE / diiron center / epoxidase / benzoyl coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoyl-CoA 2,3-epoxidase / phenylacetate catabolic process / dioxygenase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Benzoyl-CoA oxygenase, B subunit / : / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
benzoyl coenzyme A / : / TRIETHYLENE GLYCOL / S-1,2-PROPANEDIOL / Benzoyl-CoA oxygenase component B
類似検索 - 構成要素
生物種Azoarcus evansii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Weinert, T. / Rather, L. / Fuchs, G. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Diiron Benzoyl-Coenzyme A Epoxidase BoxB.
著者: Rather, L.J. / Weinert, T. / Demmer, U. / Bill, E. / Ismail, W. / Fuchs, G. / Ermler, U.
履歴
登録2010年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
C: Benzoyl-CoA oxygenase component B
D: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,05934
ポリマ－222,6734
非ポリマー5,38630
水11,331629
1
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,08710
ポリマ－55,6681
非ポリマー1,4199
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8046
ポリマ－55,6681
非ポリマー1,1365
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0679
ポリマ－55,6681
非ポリマー1,3998
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1019
ポリマ－55,6681
非ポリマー1,4338
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,89016
ポリマ－111,3362
非ポリマー2,55414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area37830 Å2
手法PISA
6
C: Benzoyl-CoA oxygenase component B
D: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,16918
ポリマ－111,3362
非ポリマー2,83216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area37170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.180, 76.650, 148.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Benzoyl-CoA oxygenase component B / Benzoyl-CoA 2 / 3-dioxygenase subunit B / Benzoyl-CoA dioxygenase oxygenase component


分子量: 55668.227 Da / 分子数: 4 / 断片: BoxB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus evansii (バクテリア) / 遺伝子: Azoarcus evansii, boxB / 発現宿主: Azoarcus evansii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9AIX7, EC: 1.14.12.21

-
非ポリマー , 8種, 659分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物
ChemComp-BYC / benzoyl coenzyme A


分子量: 871.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40N7O17P3S
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE C-TERMINAL TAGGED BOXB WAS INTEGRATED INTO THE GENOME OF AZOARCUS EVANSII AS DESCRIBED ...THE C-TERMINAL TAGGED BOXB WAS INTEGRATED INTO THE GENOME OF AZOARCUS EVANSII AS DESCRIBED ELSEWHERE FOR THE HIS-TAG VERSION (ZAAR ET AL. 2004)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Li2SO4, 18% glycerol, 5 mM benzoyl-CoA, 1 mM NADPH, 0.1 mg/ml BoxA 10 mM Pipes, 0.1 M KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.2137 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月30日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2137 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.4 Å / Num. all: 98025 / Num. obs: 98025 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 12.945 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22417 4887 5 %RANDOM
Rwork0.17417 ---
obs0.17665 93138 99.24 %-
all-98025 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å2-0.75 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15388 0 313 629 16330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02116305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7241.94822149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973326893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25551918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57123.526882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.874152630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.45915140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.22246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02118299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.59479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.221.53850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62215267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64336826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1254.56878
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 376 -
Rwork0.251 6857 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08080.2267-0.06361.30520.07740.77030.0401-0.18790.04520.2223-0.02120.0784-0.0527-0.0817-0.01890.13280.0456-0.04360.25420.0030.0477-27.78126.622-10.657
20.9564-0.07420.07760.9213-0.1180.77820.07060.2564-0.1017-0.0974-0.00440.0607-0.0855-0.0011-0.06620.09430.0934-0.03870.2874-0.04820.0341-25.91119.257-49.738
31.1616-0.4106-0.09840.6732-0.17641.10090.0296-0.017-0.20060.08120.0120.10260.03690.0594-0.04170.140.0778-0.07830.1092-0.10350.222915.08-7.716-32.632
40.79330.25960.03240.1336-0.13951.0098-0.10070.14730.2277-0.0187-0.03020.134-0.12020.38870.13090.27310.0855-0.12770.2776-0.02690.309234.06426.057-44.942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 85
2X-RAY DIFFRACTION1A86 - 238
3X-RAY DIFFRACTION1A239 - 390
4X-RAY DIFFRACTION1A391 - 474
5X-RAY DIFFRACTION2B5 - 63
6X-RAY DIFFRACTION2B64 - 236
7X-RAY DIFFRACTION2B237 - 393
8X-RAY DIFFRACTION2B394 - 474
9X-RAY DIFFRACTION3C1 - 106
10X-RAY DIFFRACTION3C107 - 195
11X-RAY DIFFRACTION3C196 - 390
12X-RAY DIFFRACTION3C391 - 475
13X-RAY DIFFRACTION4D5 - 85
14X-RAY DIFFRACTION4D86 - 237
15X-RAY DIFFRACTION4D238 - 390
16X-RAY DIFFRACTION4A645 - 663
17X-RAY DIFFRACTION4C618 - 644
18X-RAY DIFFRACTION4B632 - 659
19X-RAY DIFFRACTION4D574 - 593

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る