PDB-3pm2: Crystal structure of a novel type of odorant binding protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pm2

タイトル

Crystal structure of a novel type of odorant binding protein from Anopheles gambiae belonging to the c+ class

要素

Odorant binding protein (AGAP007287-PA)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha helical protein / odorant binding protein / odorant molecules / antennae

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / sensory perception of smell / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / remote SAD / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Lagarde, A. / Qiao, H. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a novel type of odorant-binding protein from Anopheles gambiae, belonging to the C-plus class.
著者: Lagarde, A. / Spinelli, S. / Qiao, H. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C.

履歴

登録	2010年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月27日	Group: Database references
改定 1.3	2018年6月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pm2.cif.gz	84.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pm2.ent.gz	63.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6y41-9 5hgu-1 5ldp-2 4al2-3 3uyx-1 2zth-d 6y41-10 3uyw-3 6y41-12 5fie-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Odorant binding protein (AGAP007287-PA)

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.289, 36.289, 263.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- HOH

#1: タンパク質	Odorant binding protein (AGAP007287-PA) / Putative odorant-binding protein OBPjj2 分子量: 18964.145 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 58-228 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: OBP47, OBPjj2, AGAP007287 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7PF80
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein 12 mg/ml, 30-35% PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate pH 5.7-6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM14	1	0.97625
シンクロトロン	SOLEIL	PROXIMA 1	2	1.7712

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2010年5月8日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2010年6月29日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	mirrors	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97625	1
2	1.7712	1

反射

解像度: 1.8→36.3 Å / Num. all: 17578 / Num. obs: 17578 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.167 / R_sym value: 0.167 / Net I/σ(I): 19.3

反射シェル

解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4 / R_sym value: 0.55 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXD		位相決定
PHASER		位相決定
BUSTER	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: remote SAD / 解像度: 1.8→34.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9457 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2272	887	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1868	-	-	-
obs	0.1887	17530	-	-
all	-	17530	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.225 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.225 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.45 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.227 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1309	0	0	290	1599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.011	1343	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	1820	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		462	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct		185
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		31	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		190	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1343	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2493	140	5.08 %
R_work	0.2099	2616	-
all	0.2118	2756	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0217	0.8342	0.2145	0.3232	-0.222	0.1082	-0.002	-0.0079	0.0098	-0.0219	0.0153	-0.0049	-0.0084	0.0148	-0.0133	0.0281	-0.0669	-0.056	0.0061	-0.0082	-0.0305	10.9217	18.0128	15.2958
2	0	-0.0164	0.0911	0.083	0.087	0	-0.0013	0.0063	0.0087	-0.0093	0.0084	0.0121	-0.0059	-0.0068	-0.0071	0.0244	0.0112	-0.0705	-0.0153	0.0398	-0.0027	-5.5882	16.9478	13.0403
3	0.3385	0.7293	0.3267	0.6506	0.1191	0.1921	0.0029	-0.011	0.0079	0.0131	-0.0027	0.0164	-0.0099	0.0111	-0.0003	-0.0001	0.0026	-0.0068	-0.0557	0.02	0.0539	4.1394	15.4174	29.8219
4	0.2858	0.0863	0.2061	0.4066	0.3246	0.1491	0.0012	-0.0059	0.0079	0.0034	0.0012	0.0134	0.0035	-0.0304	-0.0024	-0.0393	-0.0026	-0.0038	-0.0098	0.0342	0.0434	-7.7971	9.2496	25.8796
5	0.6656	0.6843	0.873	0.1732	-0.012	0.0791	-0.0018	0.0218	-0.0099	-0.0091	-0.0083	0.0318	0.0027	-0.0147	0.0101	-0.022	-0.0388	-0.0822	0.0386	0.0234	-0.0082	-10.3347	6.1279	8.7938
6	0	0.2307	0.2679	0.6187	0.0718	0.0666	-0.0092	0.0511	-0.0524	0.0081	0.017	-0.0275	0.0151	-0.0075	-0.0078	0.0178	-0.0295	-0.0364	-0.0135	0.0125	0.0115	-1.6926	-1.1004	16.41
7	0.4733	-0.1393	-0.2425	0	-0.204	0.5749	0.0089	-0.0407	0.0168	0.0211	-0.0018	0.0402	-0.0065	-0.0002	-0.0072	0.0114	-0.0106	0.0063	-0.007	0.0194	0.0083	-0.3097	8.6287	32.0025
8	0.4112	0.1681	0.0352	0.2496	0.1307	0.8767	-0.009	0.0038	0.0027	-0.0191	0.0253	0.0265	-0.0365	0.0383	-0.0164	0.0239	-0.0853	-0.0424	0.0297	0.0209	-0.0696	8.2368	12.0635	8.1706

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|2 - A|173 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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