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Yorodumi- PDB-3pm2: Crystal structure of a novel type of odorant binding protein from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pm2 | ||||||
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Title | Crystal structure of a novel type of odorant binding protein from Anopheles gambiae belonging to the c+ class | ||||||
Components | Odorant binding protein (AGAP007287-PA) | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / alpha helical protein / odorant binding protein / odorant molecules / antennae | ||||||
Function / homology | Recoverin; domain 1 - #270 / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / response to stimulus / Recoverin; domain 1 / sensory perception of smell / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / AGAP007287-PA Function and homology information | ||||||
Biological species | Anopheles gambiae (African malaria mosquito) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / remote SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Spinelli, S. / Lagarde, A. / Qiao, H. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2011 Title: Crystal structure of a novel type of odorant-binding protein from Anopheles gambiae, belonging to the C-plus class. Authors: Lagarde, A. / Spinelli, S. / Qiao, H. / Tegoni, M. / Pelosi, P. / Cambillau, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pm2.cif.gz | 80.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pm2.ent.gz | 64.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pm2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/3pm2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18964.145 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 58-228 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Anopheles gambiae (African malaria mosquito) Gene: OBP47, OBPjj2, AGAP007287 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q7PF80 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: Protein 12 mg/ml, 30-35% PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate pH 5.7-6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.8→36.3 Å / Num. all: 17578 / Num. obs: 17578 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 23.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rsym value: 0.167 / Net I/σ(I): 19.3 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: remote SAD / Resolution: 1.8→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9457 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9239 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 26.31 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.227 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→34.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.91 Å / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: { A|2 - A|173 } |